高通量花生转录组分析系统的构建与应用.docVIP

2011年6月2011,33(3:235－241 中国油料作物学报 Chinese journal of oil crop sciences 高通量花生转录组分析系统的构建与应用 陈小平,洪彦彬,张二华,刘海燕,梁炫强 * (广东农业科学院作物研究所,广东广州510640 摘要:采用PC 机为硬件平台,基于Linux 操作系统,以Perl 语言作为主要的程序编辑语言,整合SeqClean 、TGICL 、RepeatMasker 、Blast 、Bioperl 等软件或模块,构建自动化、高通量的转录组分析系统。整个分析系统以三个自编的Perl 脚本为主程序,其中以assemble．pl 为主程序的序列组装,以annotFun．pl 为主程序的功能注释和以annot-GO．pl 为主程序的功能分类。通过分析粤油20在叶斑病诱导下获得的8328个叶片EST ,进一步验证该系统的稳定性和可靠性。本文构建的花生转录组分析系统通过三个主程序能够自动、简洁、高通量地完成花生转录组数据的组装、注释与分类,为花生功能基因组学研究提供有价值的生物信息,也为其他生物信息平台的构建提供借鉴。 关键词:花生;转录组;分析系统;高通量中图分类号:S565．203 文献标识码:A 文章编号:1007－9084(201103－0235－07 Construction and application of a h