第四章_分子进化分析.ppt

直系同源(orthologs): 同源的基因是由于共同的祖先基因进化而产生的，可能具有相同的功能。 旁系同源(paralogs): 同源的基因是由于基因复制产生的，可能具有不同的功能。 这两个概念代表了两个不同的进化事件，而用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的，才能真实反映进化过程。 距离矩阵法(distance)---UPGMA法和邻接法 最大简约法(maximum parsimony,MP) 最大似然法(maximum likelihood,ML) 最大简约法(maximum parsimony,MP) 理论基础是奥卡姆（Ockham）哲学原则：解释一个过程的最好理论是所需假设数目最少的那一个。 这种方法对所有可能的拓扑结构进行计算，并计算出所需替代数最小的那个拓扑结构，作为最优树。也就是用最小的改变来解释所要研究的分类群之间观察到的差异 最大似然法(maximum likelihood,ML) ML对系统发育问题进行了彻底搜查。ML期望能够搜寻出一种进化模型（包括对进化树本身进行搜索），使得这个模型所能产生的数据与观察到的数据最相似. 1.3 由蛋白质序列构建进化树 对于一个完整的进化树分析首先需要对所分析的多序列目标进行排列（align sequences）。 最经常使用的有Clustalx和Clustalw （Dos）， 1.3.1 CLUSALX软件的应用 1.3.2 MEGA3.1软件的应用 1.4 PHYLIP软件包的应用 PHYLIP是一个免费的系统发生(phylogenetics)分析软件包。由华盛顿大学遗传学系开发，1980年首次公布。以下链接可以下载： /phylip.html 5.2.2 Phylip软件包的应用 1.根据你的分析数据，选择适当的程序 如，你分析的是DNA数据，就在核酸序列分析类中选择程序（dnapenny，dnapars，dnamove，dnaml，dnamlk，dnainvar，dnadist，dnacomp ）如果分析的是离散数据，如突变位点数据，就在离散字符组里面选择程序。 2.选择适当的分析方法 如你分析的是DNA数据，可以选择简约法（DNAPARS），似然法（DNAML， DNAMLK），距离法等（DNADIST）。。。 3.进行分析 选择好程序后，执行，读入分析数据，选择适当的参数，进行分析，结果自动保存为outfile，outtree。 Outfile是一个记录文件，记录了分析的过程和结果，可以直接用文本编辑器（如写字板）打开。 Outtree是分析结果的树文件，可以用phylip提供的绘树程序打开查看，也可以用其他的程序来打开，如treeview。 保存 查看*.mega文件最后行是否正常,为了保证各比对序列的长度相等 保存到指定文件夹 点击 可选择要分析的序列,可对序列名称进行编辑 点击可进行参数编辑 不同形式进化树 PHYLIP安装 分析程序 帮助文件 Exe文件夹内容 用写字板打开outfile outfile outtree 用treeview打开outtree * 第四章 分子系统发育分析 1.1分子进化的基本概念 系统发育学研究的是进化关系，系统发育分析就是要推断或者评估这些进化关系。 通过系统发育分析所推断出来的进化关系一般用分枝图表（进化树）来描述，这个进化树就描述了同一谱系的进化关系，包括了分子进化（基因树）、物种进化以及分子进化和物种进化的综合。 同源------具有共同祖先 同源性状:1. 它们与这些物种的祖先类群中所发现的某个性状相同 2.它们是具有祖先-后裔关系的不同性状 同源性:分子进化研究中,两核苷酸序列之间或AA序列之间的相似程度 1.1.1 同源性与同源性状 paralogs orthologs 1.1.2 类 群 祖先类群(ancestral group):如果一个类群（物种）至少有一个子裔群，这个原始的类群就称为祖先类群　 单系类群（monophyletic　group）包含一个祖先类群所有子裔的群组称为单系类群，其成员间存在共同祖先关系　 并系类群（paraphyletic　group）和复系类群(polyphyletic group)：不满足单系类群要求，各成员间又具有共同祖先特征的群组称为并系类群；各成员不具有共同衍生特征也不具有共同祖先特征，只具有同型特征的分类群组称为复系类群　 内类群（ingroup）：一项研究所涉及的某一特定类群可称为内类群 外类群（outgroup）：不包含在内类群中又与之有一定关系的类群，为了比较内类群中各成员的特征差异． 姊妹群（sister group）：与某一类群在谱系关系上最为密切的类群称为姊妹群，