基于分子力场的分子力学和分子动力学计算.docVIP

PAGE PAGE 15 实验二、基于分子力场的分子力学和分子动力学计算 实验目的: 掌握分子力学和分子动力学的模拟方法； 学会使用Visualizer 的各种建模和可视化工具； 熟悉Forcite模块的功能。 实验原理： Hψ (R,r) = Eψ (R,r) ……………………...….. Schr?dinger Hψ (R,r) = Eψ (R,r) ……………………...….. Schr?dinger方程 He HeΦ(r;R) = EΦ(r;R) ………………电子运动的Schr?dinger方程 Hn Hn Φ(R) = EΦ(R) ……………………核运动的Schr?dinger方程 …………………………………..牛顿方程 3. 实验内容 实验1. 材料表面上分子的绑定能计算； 4. 实验设备和仪器 (1) 硬件：多台PC机和一台高性能计算服务器。 (2) 软件：主要利用Materials studio软件包里的Visualizer和Forcite模块。 5．实验方法和步骤 5.1建立材料表面和分子的结构模型 5．实验方法和步骤 5.1建立材料表面和分子的结构模型 = 1 \* GB3 ①按照所研究表面材料的晶胞参数建立晶体结构。方法是可以自己建立模型，也可以在软件自带的结构库中直接读入结构文件。如：在菜单栏选择F