分子进化分析与相关分析软件的应用幻灯片课件.ppt

分子进化分析与相关分析软件的应用;内容提要;内容提要; 从物种的一些分子特性出发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。 蛋白和核酸序列 通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生的内在规律。;一个系统发育树;A;分子进化研究的基础（假设）; 在各种不同的发育谱系及足够大的进化时间尺度中，许多序列的进化速率几乎是恒定不变的。（分子钟理论， 1965 ） ; 虽然很多时候仍然存在争议，但是分子进化确实能阐述一些生物系统发生的内在规律。;从一个分歧数据可以推测其他;直系同源(orthologs): 同源的基因是由于共同的祖先基因进化而产生的. 旁系同源(paralogs): 同源的基因是由于基因复制产生的. (以上定义源自Fitch, W.M. (1970) Distinguishing homologous from analogous proteins. Syst. Zool. 19, 99–113) ;;paralogs; 以上两个概念代表了两个不同的进化事件 用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的，才能真实反映进化过程。;趋同进化的基因 (genes have converged function by separate evolutionary paths);异源基因或水平转移基因 (xenologous