VMD中实现原子的数值着色方法.docVIP

VMD中实现原子的数值着色方法 本文的操作是在VMD 1.8.6中进行。 想作出下面的图吗？ 想让体系中的原子在每一帧都可以按某一属性（能量、位移、破坏程度等等）进行着色吗？ 那就阅读本文吧！ 只要是对原子根据某一数值进行着色，本文的方法都可以实现，对单帧或多帧都适用。 一、准备数据文件 1、首先是需要用来着色的轨迹文件，单帧或多帧的都行，文件名为dump.pdb 这里要说明一下：文件名的后缀必须是VMD能识别的，建议使用pdb格式或xyz格式的（VMD默认就能打开的格式），后面会解释为什么。 得到pdb格式或xyz格式的方法： 打开VMD，成功导入轨迹文件或分子文件，VMD main窗口，file?save coordinates Selected atoms 选择 all；File type选择 pdb,或xyz。Frames下面用默认的就行。 格式转换后的文件存在VMD的安装主目录下（我的是C:\Program Files\University of Illinois\VMD）。 2、其次为用于给原子着色的数据文件，就是想让原子按哪些数值显示颜色，命名为user.data 数据文件的名字无所谓，但其格式有要求，数据文件里的数值只有单一的一列，而且从第一个值到最后一个值必须与轨迹文件中的原子一一对应，数值之间不能空行，例如： dump文件的数据如下: ITEM: TIMESTEP 0 ITEM: NUMBER OF ATOMS 20514 ITEM: BOX BOUNDS -0.0001 0.8001 -0.0501 0.2001 -0.1001 0.1001 ITEM: ATOMS 1 Si 0.000124969 00.0004995 2 Si 0.0126218 00.0004995 3 Si 0.0251187 00.0004995 4 O 0.0376156 00.0004995 5 O 0.0501125 00.0004995 6 O 0.0626093 00.0004995 7 O 0.0751062 00.0004995 8 O 0.0876031 00.0004995 9 O 0.1001 00.0004995 10 Si 0.112597 00.0004995 … … 那么user.data的格式为： 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 … … user.data文件里的数据10、20、30、40、50、60、70、80、90、100分别对应给原子Si、Si、Si、O、O、O、O、O、O、Si 用于着色的数值如果是在dump文件中一同输出的，可以使用Linux下的awk,grep等命令提取出来，这个自己处理。 二、tcl脚本操作 1、将上面的轨迹文件dump.pdb和用于着色的数据文件user.data拷贝到VMD的安装主目录下（C:\Program Files\University of Illinois\VMD），因为这个是VMD的tk 控制台工作的默认目录。 2、进入tk控制台 VMD Main? Extensions? TK Console 3、载入tcl脚本 脚本内容： set file dump.pdb #设置file变量为轨迹文件dump.pdb mol new $file waitfor all #导入file指向的分子文件，并等待直到导入所有原子 set numframes [molinfo top get numframes] #设置numframes变量为计算分子帧数的值 set numatoms [molinfo top get numatoms] #设置numatoms变量为计算分子中原子的个数 set sel [atomselect top all] #设置sel变量为分子编号为top的值，这个就不用管了 set fp [open user.data r] #设置fp变量为读入数据文件user.data #下面开始处理循环 for {set i 0} {$i$numframes} {incr i} { #从0帧开始循环 $sel frame $i set ulist #建立名字为ulist的表，表为空 puts setting user values for frame [$sel frame].. #输出处理到哪一帧，便于查错 for {s