功能基因组学.pptxVIP

20世纪人类科技史上的三大创举;基因组(genome) 泛指一个有生命体、病毒或细胞器的全部遗传物质；在真核生物，基因组是指一套染色体（单倍体）DNA。 ;;结构基因组学;人类基因组计划（HGP）的研究内容;;;;二、后基因组学的研究（Postgenome era）;功能基因组学;1、功能基因组学的研究内容;2、功能基因组学的研究方法;单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism, SNP);;中英联合实验室;SNPs与表型;以SNPs为基础研究人类疾病;表达序列标签（Expressed sequence tags, EST）;EST的应用;EST的应用;EST的应用;EST的应用;EST的应用;EST的应用; SAGE （serials analysis of gene expression） 基因表达系列分析 1995年，JohsHopkins大学的分子肿瘤学家Kinzler和Vogelstein及其同事建立了SAGE方法. ;SAGE 技术的主要理论依据： 来自转录物内特定位置的一小段寡核苷酸序列（9~11bp）含有鉴定一个转录物特异性的足够信息，可作为区别转录物的标签（tag）； 通过简单的方法将这些标签串联在一起，形成大量多联体（concatemer），对每个克隆到载体的多联体进行测序，并应用SAGE软件分析，可确定表达的基因种类，并可根据标签出现的频率确定基因的表达丰度（abundance）。 ;1. 将5μg含有oligo dT（引物）的磁珠与RNA混合。;6. 延伸5秒，连接成约130bp的双链标签。?;SAGE实例;DNA芯片;DNA芯片的基本原理;基因芯片基本操作流程;基因芯片;基因芯片的应用;例：肿瘤诊断;RNAi（RNA interference，RNA干扰） 通过反义RNA与正链RNA形成双链RNA特异性抑制靶基因的转录后表达的现象，存在于从低等的线虫到人类培养细胞等多种有机体。 RNAi相关技术是研究转录后调控的有效工具，可用于功能基因组学研究以及基因治疗等临床用途。;;RNAi 机制模式图; 核心技术： siRNA（ Small interfering RNA）的设计与合成 siRNA的标记 siRNA的转染 RNAi的检测（核酸及蛋白水平）;1.siRNA的一般结构： 哺乳动物：21-23bp dsRNA 其它生物：更长的片段;2.设计流程（选择siRNA靶位点） 从转录本AUG起始密码子开始，搜寻下游AA序列，记录跟每个AA 3’端相邻的19个核苷酸作为候选的siRNA靶位点；根据5‘和3’非翻译区（UTR)及靠近起始密码子（75个碱基之内）等??含调节蛋白结合位点区域来设计siRNA。 将候选靶位点与相应的基因组数据库比较，去掉哪些与其它编码序列同源的靶序列。 设计阴性对照：阴性对照siRNA应与siRNA的核苷酸组成相同但没有与基因组明显同源的序列。一般通过改变siRNA核苷酸顺序并经同源序列比较确证而得。;RNAi技术的应用;RNAi技术应用举例－功能研究;21nt GFP siRNA 在原代脑皮层神经元中的 RNAi;21nt MAP2 siRNA在神经元中的 RNAi