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酶催化分子动力学模拟 Molecular dynamics of enzymatic catalysis YASARA 混合体系的分子动力学模拟教程 By 临江仙 YASARA 是一款结合同源模建、分子对接以及分子动力学的综 合性分子模拟软件。其功能强大毋庸置疑，具备了 View 、Model 、 Dynamics 、Structure 、NMR Module 五个基本模块和一个扩展模块 (YASARA/WHAT IF Twinset) 。毫不逊色同类软件的可视化界面，同 样快捷的计算速度，高轨迹重现性等优点，赢得了我们的青睐。闲暇 之际，据笔者近日学习所得，总结出来与大家分享 。本次教程以氯 仿-水体系为例，所需模块为View 、Dynamics 和Structure，为大家展 示YASARA 中本人对于MD 模拟的总结，如有不当之处，欢迎指出。 1 预处理 FileLoad or Load recentPDBfile 1 酶催化分子动力学模拟 Molecular dynamics of enzymatic catalysis EditcleanAll 注：cleanall 其目的是为MD 进行一系列的准备工作，包括加氢、 优化、修正；个别酶的HIS 等残基的质子化效果有些不甚理想，应注 意观察并修改。 2 酶催化分子动力学模拟 Molecular dynamics of enzymatic catalysis 2 MD 前期工作 2.1 cell 的设置 Simulationwarning is error SimulationDefine simulation cell, 10A around all atoms 3 酶催化分子动力学模拟 Molecular dynamics of enzymatic catalysis 注：若想进行其它定义亦可，如X 、Y 、Z 的设定。 2.2 周期性边界条件和力场选择 SimulationCell boundariesPeriodic SimulationForce fieldAmber03(为例), OK, and if a force field is above, also set its default parameters （建议使用默认参数） 4 酶催化分子动力学模拟 Molecular dynamics of enzymatic catalysis 2.2 Cell 中和与pKa 的预测 Optionscell neutralization and pKa prediction 5 酶催化分子动力学模拟 Molecular dynamics of enzymatic catalysis 注：体系中和加满水进行， pH 值设为7 ，massfraction 则为0 。 Wait … 6 酶催化分子动力学模拟 Molecular dynamics of enzymatic catalysis 结束后，在HUD 中右击waterDelete 删除水。 2.3 建立混合溶剂体系 Simulation Fill cel