LAMMPS软件和分子模拟实现.pptVIP

Lammps计算输入文件 #以下为剪切计算 Dump 1 all custom 100 dump.shear tag type x y z c_new2[4] #每100步输出，c_new1d[4]为new1d计算的原子应力 thermo 100 thermo_modify temp new2d #每次输出屏幕上的温度按new2d方案计算 reset_timestep 0 #重新设当前为第0步 run 3000 #剪切计算3000步 C. 熔化、凝固过程模拟：Ar Cu Al 对于Cu，建立8×8×5的FFC晶格体系，充分弛豫后利用 Nose-Hover方法，保持压强为0，从2.5 K开始加热，直至 发生熔化转变。 输入文件 输入文件 模拟输出结果 模拟发现在1609 K附近发生了一级相变， 而Cu的熔点为1357 K。 Cu在特定温度下的性质 均方根位移 速度自关联函数 径向分布函数 建立一个8×8×8的FCC格子， 分别在10K、500K、1000K、 1800K以及2000K下保持零外压 弛豫，得到不同温度下的原子 运动情况，以及不同情况下的均 方根位移。 输入文本文件——均方根位移 输入文本文件——均方根位移 输出结果分析 输出结果分析 Cu处于液态时的均方根位移图 D. 应用Lammps程序计算材料的表面能 物理理论建模是关键，程序仅仅只能是实现的工具。 新表面 Cu(100) 晶面的表面能计算 几何建模：简单晶格结构 物理建模：简单合金势函数 区域分块 100表面 过程建模：实现真空层 输出建模：计算能量，原子坐标 输出控制：格式，参变量 能量最小化方法，计算E0 特殊技巧处理 过程建模：移动盒子，移动原子，产生新的表面，计算产生新表面后的E（final） 计算111表面，首先几何建模的过程中要知道如何在物理和几何上产生（111），最后通过lammps的命令的方法实现。 lattice fcc 3.615 origin 0 0 0 orient x 1 1 -2 orient y -1 1 0 orient z 1 1 1 小结 Lammps具有强大功能和开放式的扩充结构 后续的数据处理通常相当辛苦 Lammps程序需要结合其他程序来完成你的发 文章的要求模拟研究的任务。 做好修改源程序的准备 补充内容 Lammps与分子动力学 常用模拟软件 Lammps功能和原理 经典范例 1. 常用的MD模拟软件 NAMD：免费 主要针对与生物和化学软材料体系，程序设计水平高，计算效率高。有很好的分析辅助软件VMD。 AMBER 主要针对生物体系，也适当兼容一般化学分子。有很好的内置势能模型，自定义新模型和新分子很方便，有很完善的维护网站。计算效率不高运算速度慢。 CHARMM 主要针对生物体系，也包含部分化学体系。势能模型更新很快自定义新模型比较方便。计算效率低。 GROMACS 免费 主要针对生物体系，也适当照顾一般化学体系。算法好，计算效率高。界面友好，维护服务好。 TINKER 免费 一般性分子动力学软件，对生物体系略有偏重。优点支持多种模型。仍在开发中，某些方面还不完善。 DL-POLY 一般性分子模拟软件，界面友好，计算效率高。维护服务很好。 Materials Studio LAMMPS 免费 一般性分子模拟软件。兼容当前大多数的势能模型，编程水平高，计算效率高。可以模拟软材料和固体物理系统。 Materials Explorer 立足于Windows平台的多功能分子动力学软件。拥有强大的分子动力学计算及Monte Carlo软件包，是结合应用领域来研究材料工程的有力工具。Materials Explorer可以用来研究有机物、高聚物、生物大分子、金属、陶瓷材料、半导体等晶体、非晶体、溶液，流体，液体和气体相变、膨胀、压缩系数、抗张强度、缺陷等。Materials Explorer软件中包含2Body，3Body，EAM，AMBER等63个力场可供用户选择。Materials Explorer软件拥有完美的图形界面，方便使用者操作。 2. Lammps功能和原理 Lammps初识 Lammps的功能 Lammps的原理 Lammps的特点 Lammps的应用 Lammps初识 Lammps程序是一个经典分子动力学计算程序。全称 Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator 官方网址：/ 国内交流论坛： Lammps的功能 能（features） 一般意义（并行化，可扩充，脚本化输入，接口化编译） 专门意义（能建模