生物信息学在高通量测序数据分析中实际应用.pptVIP

Genomic intergenic region Reads cluster Paired Reads distribution 优化基因结构鉴定新的转录本 Paired-End (PE) Reads Reads 比对到参考序列基因间区域 鉴定可变剪接（ Alternative Splicing ） exon1 exon2 exon3 exon1 exon2 exon3 exon1 exon3 common reads junction reads mRNA 分析RNA水平SNP 转录组重测序比对软件：SOAP De novo 转录组测序: 组装软件：SoapDenovo 比对软件： SoapSNP 转录组 Small RNA 降解组 Text RNA DGE RNA测序—小RNA测序 Small RNA:是长度在18-40nt的非编码RNA，在基因表达调控中发挥着重要的作用。 小RNA的产生 总RNA 通过切胶回收 CATGGCTGAAGTCAAGGATGT CATGGAAGGCAATCCCACATA CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGGTTGAATCTGAAACCCT CATGGTTGAATCTGAAACCCT CATGGCTGAATCTGAGGCTCT CATGGCTGAATCTGAGGCTCT CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGGAAGGCAATCCCACATA CATGGAAGGCAATCCCACATA CATGGCTGAAGTCAAGGATGT CATGGCTGAAGTCAAGGATGT 测序 CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGCTAGAAAACATTTAATA CATGGTTGAATCTGAAACCCT CATGGTTGAATCTGAAACCCT CATGGAAGGCAATCCCACATA CATGGAAGGCAATCCCACATA CATGGAAGGCAATCCCACATA CATGGAAGGCAATCCCACATA CATGGAAGGCAATCCCACATA CATGGAAGGCAATCCCACATA CATGGAAGGCAATCCCACATA CATGGAAGGCAATCCCACATA miRNA siRNA repeat unann 比对 注释和预测 Small RNA测序 Small RNA分析 small RNA 的长度分布； rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、miRNA、piRNA、siRNA的注释； 物种特有的miRNA预测； miRNA的靶基因预测； 对预测的靶基因进行GO分析和KEGG分析； 对已知miRNA进行样品间差异分析和聚类分析。 Small RNA研究技术比较 技术 小 RNA 克隆 芯片 小RNA测序 原理 Sanger 测序 杂交 新一代测序 通量 低 高 高 小 RNA 数据库依赖性 无 高 有时 背景噪音 低 高 低 表达谱 — √ √ 鉴定新小RNA √ X √ 检测低拷贝小RNA √ X √ 鉴定SNV √ X √ 转录组 Small RNA 降解组 Text RNA DGE RNA测序—降解组测序 降解组：含有5’单磷酸的mRNA降解片段的集合。 降解组测序 高通量测序在RNA研究中的应用 测序技术 转录组测序 (Transcriptome) 数字基因表达谱 DGE Small RNA 降解组测序 研究对象 mRNA mRNA Small RNA mRNA Read 长度 90 PE 50SE 50SE 50SE 鉴定新分子 O X O O 表达谱研究 O O O O 基因结构分析 O X O X 筛选分子标记 O X X X biomarker O O O O 融合基因 O X X X * PE, paired-end sequencing; SE, single-end sequencing; O, yes; X, no ChIP-Seq ChIP-Chromatin Immunoprecipitation染色质免疫共沉淀，是指通过蛋白免疫相互作用，用抗体把和染色质相互作用的蛋白，如组蛋白、转录因子等，沉淀下来，从而获取与其相结合的DNA序列。 ChIP-Seq就是通过高通量测序对ChIP所得到的序列进行测序，从而进行蛋白和DNA相互作用研究。 ChIP-Seq测序流程 ChIP-Seq分析内容 ChIP Sequencing结果与参考基因组序列进行比对 ChIP Sequencing reads?在全基