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2019-12-31 发布于广东
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evalue阈值的设定(同一物种e-10，不同物种e-5） BLAST is a program that finds similar protein or nucleotide sequences to your target sequence. The 'S' score is a measure of the similarity of the query to the sequence shown. The E?value is a measure of the reliability of the 'S' score. The definition of the E?value is: The probability due to chance, that there is another alignment with a similarity greater than the given S score.Read more:/Q/What_is_e_value_in_blast_search_result#ixzz1rjr5MUsz ?The BLAST programs report?E-value rather than?P-values because it is easier to understand the difference between, for example,?E-value of 5 and 10 than?P-values of 0.993 and 0.99995. However, when?E?< 0.01,?P-values and?E-value are nearly identical. /BLAST/tutorial/Altschul-1.html * Altschul? 基本释义 n. 1.[人名] 阿特休尔 * T - protein F - nucleotide [T/F] Optional * T - protein F - nucleotide [T/F] Optional * 利用gene_ontology.obo中的对应关系 ----- Meeting Notes (12-6-4 01:02) ----- Nr数据库与GO数据库是怎么样的对应关系？ * COG（"COG" is short for "Cluster of Orthologous Groups".）蛋白质直系同源簇数据库，是对细菌、藻类和真核生物的完整基因组的编码蛋白质，根据系统进化关系分类构建而成。/bioinfor_cnu/blog/static/1944622372011819101229909/ ----- Meeting Notes (12-6-4 01:02) ----- 这个图是怎么做出来的？ cog_R.pl * * 隐马尔可夫模型、先验概率；通过对已知编码序列进行训练，来预测未知序列的编码框。 ----- Meeting Notes (12-6-4 01:02) ----- ESTscan软件基于什么原理？ * 1.数据预处理，为训练建模做准备；split extracted data into training and test sets 2.利用已知数据进行建模（隐马尔可夫模型）； 3.Estscan预测 /ifs4/BC_PHAR/USERS/chench/bin/denovo/ESTScan/estscan /ifs4/BC_PHAR/USERS/chench/bin/denovo/example/denovo/CDS/All-Unigene.blast.no.fa -o /ifs4/BC_PHAR/USERS/chench/bin/denovo/example/denovo/CDS/All-Unigene.ESTscan.cds.fa.score -t /ifs4/BC_PHAR/USERS/chench/bin/denovo/example/denovo/CDS/All-Unigene.ESTtein.fa.score -M /ifs4/BC_PHAR/USERS/chench/bin/denovo/example/denovo/CDS/ESTscan/Matrices/*.smat * DBD: Transcription factor prediction database /index.cgi?Home 植物转录因子数据库：动物转录因子数据库：AnimalTFDB - Animal Transcription factor database 基因调控数据库：/pub/databases.html 需要注册 * DGE和RNA-seq