材料加工工艺培训课程.ppt

第四章 化学结构的可视化 ;本章主要内容：;第一节 化学结构的表示和可视化;一、化学结构的表示;命名法;二维结构：原子以元素符号表示，线条表示化学键，简单表示分子中化学键的拓扑结构;;;2. 最常用的绘制二维化学结构的软件;1. 分子三维表示法 坐标表 距离矩阵;;;2. 三维空间结构的显示模式;球 棒 表 示 法（Ball and Stick） ;; 分子表面显示可用于表示分子轨道、电子密度、范德华半径等 分子表面的图形显示模式主要有网格状、立体状和半透明等三种 目前已经提出多种分子表面的定义，最主要的定义类型有： 范德华表面（van der Waals Surface） 溶剂可及表面（Solvent-Accessible Surface） Connolly表面; 范德华表面 半透明图 ;;美国MDL信息系统公司的化学结构输入软件，其共享版可以从网上免费下载（），其特点有：;ISIS Draw 2.2 的工作窗口;模 板 下 拉 菜 单;模板示例;自定义模板菜单和模板工具;图形编辑功能强 可对分子结构图形进行组合或分块处理，支持图文混排。可对分子整体或局部进行放大、缩小、旋转等操作 ;具有一定的计算和检测功能 对于复杂的有机化合物，可以快捷地计算其摩尔质量。并具有构型检测功能 ;;支持多窗口工作 支持多窗口操作,可同时运行多个文档,并可在各个窗口间切换，这一功能与Windows 本身具有剪切、复制功能相结合可给作图带来极大的方便 ;兼容性好 与多数Windows应用软件具有良好的兼容性，所绘制图形和反应式可通过剪贴板或以图形的形式插入到Word、WPS文档中，便于化学论文的书写 ;快捷方式栏，主要是常用的官能团与分子模板的工具条，共13个按钮 Run Chem Inspector（运行化学式检验） Open Last Template Page（显示最后一个模板页面） Draw Previews Temple（绘制前一个模板） Cyclohexane（环己烷结构） Cyclopentane（环戊烷结构） Cycloheptane（环庚烷结构） ;7. Benzene（苯结构） 8. Cyclopentane（环戊烷结构） 9. Cyclopentane（环戊烷结构） 10. Cyclopentadiene（环戊二烯结构） 11. Cyclopentadiene（环戊二烯结构） 12. Cyclobutane（环丁烷结构） 13. Cyclopropane（环丙烷结构）; Lasso Select（绳索选取） 2D Rotate（2D旋转） Eraser??橡皮擦） Atom（绘制原子） Single Bond（单键） Up Wedge（向上楔入） Chain（链） Plus（加号） Arrow（箭头） Atom Map（原子图示） Sequence（序列） Bracket（括号） Text（文本） Straight Line（直线） Rectangle（矩形）;选择操作;选择整个分子;放大、缩小操作;旋转操作;目标属性编辑操作 选择目标后，点击鼠标右键来修改目标属性;原子属性控制;化学键属性控制;线条属性控制;多边形(圆形)属性控制;一. 分子结构图的绘制;① 在模板工具栏中点击“Benzene”（苯环）图标，并在窗口的适当位置点击， 生成一个苯环。 ② 在模板工具栏中点击“Cyclohexane”（环己烷）图标，点击苯环最右边键的中点，并接一个六元环。 在屏幕左侧工具栏中点击“Single Bond”（单键）图标，在苯环和六元环的特定位置点击鼠标并向一定方向拖拉，建立侧链结构。 ;在模板工具栏中点击“Cyclopentane”（环戊烷）图标，在六元环上方的侧链上点击，在其上连接一个五元环。 ⑤ 在屏幕左侧工具栏中分别点击“Double Bond”（双键）、“Triple Bond”（三键）图标，在二个单键的端部点击，将其接上双键、三键。;⑥ 在屏幕左侧工具栏中点击“Atom”（绘制原子）图标，在需要添加显示原子或官能团的位置点击，并用键盘输入该原子或官能团符号（本次操作中为N、O原子），或者在下拉菜单选择元素符号。 ⑦ 在屏幕左侧工具栏中点击“Up Wedge”（向上楔入）图标，点击六元环上方碳原子并向N原子拖动，生成的实心楔形键表示化学键朝向平面外。点击“Down Wedge”（向下楔入）图标，点击六元环侧方碳原子并向O原子拖动，生成的虚线楔形键表示化学键朝向平面内。 ;分子立体结构的绘制;2. 以实际观察角度来构建的直观立体结构 (利用3D旋转来实现);① 绘制对硝基苯酚的