基因芯片数据分析.pptxVIP

基因芯片 (1987): 固定有寡核苷酸、DNA或cDNA等的生物芯片。利用这类芯片与标记生物样品进行杂交，可对样品基因表达谱生物信息进行快速定性和定量分析。 高通量、点阵以及Northern杂交 同时测定细胞内数千个基因的表达情况 将mRNA反转录成cDNA与芯片上的探针杂交 芯片的体积非常小：微量样品的检测 基因表达情况的定量分析;1、芯片方阵的构建：芯片制备是先将玻璃片或硅片进行表面处理，然后使DNA片断或蛋白质分子等生物分子按顺序排列在芯片上的过程。 2、样品的制备：生物样品往往是非常复杂的生物分子混合体，除少数特殊样品外，一般不能直接与芯片反应。可将样品进行处理，获取其中的蛋白质或DNA、RNA，并且加以标记，以提高检测的灵敏度。 3、生物分子反应：生物分子反应为芯片上的生物分子之间的反应，是芯片检测的关键一步。通过选择合适的反应条件使生物分子间反应处于最佳状态中，减少生物分子之间的错配率。 4、信号检测：常用的芯片信号检测方法是将芯片置入芯片扫描仪中，进行信号检测，以获得有关生物学信息。 ;将样品中的DNA/RNA标上荧光标记，则可以定量检验基因的表达水平;A. 按技术手段、探针类型分类 1. Short oligonucleotide arrays (Affymetrix) 2. cDNA arrays (Brown/Botstein) 3. Long oligo arrays (Agilent) 4. Serial analysis of gene expression (SAGE) B. 按实验要求分类 1. 单通道 (Single Channel): 一次检验一种状态 2. 双通道 (Dual Channel): 差异表达基因的筛选 ;(1). cDNA microarrays: 将500~5,000bp的cDNA固载到介质上 (例如玻璃)。Stanford开发设计，通常为双通道，常用于差异表达基因的筛选。 (2). DNA chips: 将寡核苷酸探针 (20~80-mer) 合成到芯片上。Affymetrix开发设计，通常为单通道，一次检验一种状态 。;载玻片;Treatment / control Normal / tumor tissue Brain / liver …;(2) DNA chips;探针长度：25 bp 每个基因：22-40个探针 Perfect Match (PM) vs. MisMatch (MM) probes;1. 基因芯片(Microarray)简介 2. 图像处理与数据标准化 3. 基因芯片的数据分析;单通道基因芯片 white (very high) red (high) Yellow (a little high) green (medium) blue (low) black (no);;对于每个点，可以计算 Red intensity = Rfg - Rbg fg = foreground, bg = background, and Green intensity = Gfg - Gbg and combine them in the log (base 2) ratio Log2( Red intensity / Green intensity) Green intensity (medium): ~1;1. 图像分析 2. 扫描 3. DNA杂交过程 (温度、时间、混合均匀程度等) 4. 探针的标记 5. RNA的抽提 6. 加样 7. 其他;运用哪些基因进行标准化处理 芯片上大部分基因(假设芯片上大部分基因在不同条件下表达量相同) 不同条件间稳定表达的基因(如持家基因) 控制序列(spiked control ) 合成DNA序列或外源的DNA序列，在不同条件下表达水平相同。;before;1. 基因芯片(Microarray)简介 2. 图像处理与数据标准化 3. 基因芯片的数据分析;(1) 差异表达基因的分析 (2) 基因共表达分析 (3) 基因表达数据的聚类 (4) 基因表达数据的分类 (5) Map to GO (6) Gene regulatory network;差异表达基因的分析: 寻找处理前后表达上调或者下调的基因 Are the treatments different? 使用标准的统计学方法检验 (t-test or f-test)，发现统计显著性差异表达的基因， 如果处理本身并不显著，则结果无意义;Fold change, 一般2-fold increase or decrease (平行实验的样本较少) p-value (平行实验的样本较多);T-test: 学生分