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比较基因组学与分子进化Comparative genomics and molecular evolution 11/24/2010反向遗传（水稻吸收铁为案例）No.4 :模式生物基因功能（C.elegans） 生物数据库的使用 序列获得和比对分析，，Ｎo.5：基因结构分析和功能预测(C.elegasns) 进化分析－－构建进化树 GFP构建验证生物学功能Ｎo.6: 非模式生物功能研究　花生No.7 :非模式生物功能研究 植物寄生线虫原核细胞与真核细胞的基因结构比较：原核细胞真核细胞不同点编码区是连续的编码区是间隔的、不连续的相同点都由能够编码蛋白质的编码区和具有调控作用的非编码区组成的原核细胞真核细胞不同点相同点Some cases ://Some cases ://多序列比对数据库数据库名称描述网址BLOCKS类隐与模型库,无空隙CDD保守结构域数据库http://www.ncbi.nlm.nih.giv/Structure/cdd/cdd.shtmlInterpro联合了PROSITE, PRINTS, ProDom, Pfam, SMART, TIGRfam的资源http://www.ebi.ac.uk/interpro/index.htmliProClass database来自PIR/iproclassMetaFAM联合了6个数据库的蛋白质数据库/Pfam隐马模型库http://P/PRINTSSwissProt/TrEMBL的蛋白指纹http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/ProDom利用PSI-BLAST对Swiss Prot蛋白质数据聚类http://prodes.toulouse.inra.fr/prodom/doc/prodom.htmlPROSITE蛋白质模体字典http://www.expasy.ch/prositeSMART简单分子构架研究工具http://smart.embl-heidelberg.de/TIGRFAMs蛋白家族的隐马模型库/web-hmm/Predict features of aligned objectsMake patternsCan make a profile or a pattern that can be used to match against a sequence database and identify new family membersMotif/profile can be used to predict family membership of new sequencesDatabases of motif/profilePROSITE (/prosite)BLOCKS (/blocks/)http://pfam.jouy.inra.fr/http://pfam.jouy.inra.fr/http://psort.hgc.jp/http://psort.hgc.jp/http://www.cbs.dtu.dk/http://www.cbs.dtu.dk/http://www.cbs.dtu.dk序列相似性比较和序列同源性分析序列相似性比较： 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等；序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等；多序列比对工具CLUSTALW/XAMASCINEMADIALIGNHMMTMatch-BoxMultAlinMSAMuscaPileUpSAGAT-COFFEEClustal W/XClustaW/X is a general purpose multiple alignment program for DNA or proteins.ClustalW/X is produced by Julie D. Thompson, Toby Gibson of European Molecular Biology Laboratory, Germany and Desmond Higgins of European Bioinformatics Institute, Cambridge, UK. AlgorithmicClustal简介CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算