分子对接软件.docxVIP

文献报道过的或者没报道过的分子对接软件有很多，很多最初都是由实验室开发，免费发布。当软件很完善，没 有什么缺陷时，可能会被专门的商业软件公司购买，就变成了某个大型软件包中的模块。 其实不止分子对接软件，其他还有药效团软件、定量构效关系软件、数据库筛选软件等，都是这样的发展历程。 不过，其中还是有一些实验室，在商品化大潮的影响下屹立不倒，依旧免费给我们提供免费的强大的软件，甚至 是源代码（source code）。 很多软件我手中都有，如果那位朋友想要，可以给我发邮件。当然，要在版权要求的范围内使用。 1、这里首先提到的是 AutoDock，据官方数据显示，autodock 是引用文献最多的软件（Sousa, Fernandes Ramos (2006) Protein-Ligand Docking: Current Status and Future Challenges Proteins, 65:15-26）。 AutoDock 向外提供源代码，只要下载协议单（license agreement），签名后传真发回，就可以获得下载链接和帐号 信息。目前最新版本是 4.0 beta，不过正在测试中，主要测试群体是商业制药公司。对于这个新版本，大家都拭目 以待。 这里有一些精美的小电影可以下载： /movies 官方主页： / 2、接着说 DOCK。DOCK 也是以源代码发布，对学术用户免费。可以向官方发邮件申请，他们会返回一个下载链 接和帐号，可以使用 5 次。我的运气很好，用 信箱申请，居然申请到了下载机会。当 5 次用完后，又出 了新的版本，我再次用 信箱发邮件，声明想再多要一些登陆机会申请新版本，又获得 5 次机会。所以， 大家如果对 DOCK 感兴趣，不妨发邮件，应该差不多，当然，如果用 的信箱，成功的几率会更大。 官方主页： / 3、3D-DOCK。免费以源代码发布，分为三个部分：FTDock, RPScore，MultiDock 。 官方主页： http://www.bmm.icnet.uk/docking/ 4、FRED，是 Openeye 软件包中的一个模块。Openeye 软件包对学术用户免费 1 年，普通用户可以申请 2 个月的 试用期。只要在线申请就可以，不需要下载申请表打印签字发传真。不过，我申请了好几次，才给了我一年的免 费期。其他时间想用的时候，就只能每 2 个月申请一次。呵呵。不过 FRED 速度超快，在各种平台都可运行。 可以从这里申请试用版： /forms/eval_request.php Openeye 软件包中除了分子对接软件，还有数据库筛选软件，分子格式转化软件（Babel），图形可视化软件 （Vida），溶剂化工具等。 官方主页： / 5、Surflex，Surflex 对学术用户免费，最初国内的同行都说这个软件最难申请，没有申请成功的。我也和官方申请 了一下，没有得到回应。后来一次，看到一篇用 AutoDock 做分子对接的文献，很感兴趣，就和作者发邮件探讨了 一下。最后，作者告诉我除了 AutoDock，还可以尝试 Surflex。我告诉他我申请了，不过尚未达到官方回应。他说 可以再申请一次，他会帮我说。于是我再申请一次，等了若干天后，收到官方邮件，被告知中国用户在计算机相 关技术和知识产权方面受到限制，不能授权。 原信如下： Im sorry that I cannot accommodate your request for Surflex. There are some complex issues with a number of countries having to do with computer-related technology and intellectual property. Consequently, Surflex is only available at no cost to academic researchers in countries classified as Tier 1 by the US State Department, which include the following: Argentina, Australia, Austria, Belgium, Brazil, Czech Republic, Denmark, Finland, France, Germany, Greece, Hungary, Iceland, Ireland, Italy, Japan, Liechtenstein, Luxembourg, Mexico, Monaco, Netherlands, New Zealand