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基因分子生物学实验——EB的染色原理
溴化乙锭（EtBr，EB）为芳香族荧光化合物，是一种高度灵敏的嵌入性荧光染色剂，用于观察琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶中的核酸。是一种核酸染料，常在琼脂糖凝胶电泳中用于核酸染色；是一种强的诱变剂，可能也是一种致癌物或致畸剂。
EB与核酸的作用原理：
这种扁平分子可以嵌入核酸双链的配对的碱基之间，在紫外线激发下，未与核酸结合的溴化乙锭可被激发出橙红色萤光。在与DNA或双股RNA结合时，萤光强度会增强20倍，使得核酸电泳后的胶片可以辨识核酸的相对位置。在核酸分子中，EB分子插入到两层碱基对之间，发出红色荧光。在凝胶中加入终浓度为0.5μg/ml的EB，可以在电泳过程中随时观察核酸的迁移情况，这种方法使用于一般性的核酸检测。
问题讨论
1、溴化乙锭EB在琼脂糖凝胶电泳中先加与后加的区别？
先加EB，染色与电泳同时进行：
a. 加在胶里总体积小，所以比较方便节省； b. 会导致胶的整体背景稍微高些，比较暗；
c. 长时间、长距离的电泳先加EB的话，信号强度会相应下降；
d. 不宜用于核酸分子大小的确定和定量。
原因分析：
EB带正电荷，中和核酸分子的负电荷，同时由于的他的嵌入增加了核酸分子的刚性，使迁移速率减慢，故不宜用于凝胶电泳测定核酸分子的大小。另外，由于在凝胶中，游离的EB分子向负极泳动，会使样品中前后各带染色不均匀，影响定量。
后加EB，染色在电泳完成后：
a．可以减少污染，无背景色，图较漂亮； b. 相对浪费时间。
2、EB废物的如何处理？
EB废物的处理如下： (1) 对于EB含量大于0.5mg/ml的溶液，可如下处理：
a. 将EB溶液用水稀释至浓度低于0.5mg/ml；
b. 加入一倍体积的0.5mol/L KMnO4，混匀，再加入等量的25
mol/L HCl，混匀， 置室温数小时；
c. 加入一倍体积的2.5mol/L NaOH，混匀并废弃。
(2) EB含量小于0.5mg/ml的溶液可如下处理：
a. 按1mg/ml的量加入活性炭，不时轻摇混匀，室温放置1小时；
b. 用滤纸过滤并将活性碳与滤纸密封后丢弃。 如果你只是手接触了用EB污染的东西,用肥皂水洗一下就没事了。一定要带手套操作有EB污染的实验。EB有很强的诱变剂，操作时一定要慎重。
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