第10章蛋白质结构分析 文档资料.pptVIP

（二）比较建模法预测蛋白质高级结构 比较建模法又称为同源建模法 （ Homology modeling ）， 它是基于进 化相关的序列具有相似的三维结构，且进 化过程中三维结构比序列保守而利用进化 相关的结构模板信息建模。 1. 比较建模的原理 2. 比较建模的基本步骤 ①将靶序列作为查询序列来搜索 PDB ②将靶序列和模板序列进行序列比对 ③以模板结构骨架作为模型，建立靶蛋白质骨架模型 ④对侧链建模，包括构建环区（ loops ）和侧链，优 化侧链位置，并从模板结构到靶精炼整个模型 ⑤优化和评估产生的模型。 3. 比较建模法的局限性 传统的比较建模是通过 PSI-BLAST 找到 已知结构的相关蛋白。最近如进行 profile － profile 比较和有效利用结构信息的更加复杂 的方法已显著增加了不仅比对的质量而且远 程同源 (remote homologue) 检测的能力。 因此，比较建模和折叠识别在基于模板的建 模方法中的区别现已十分模糊。开发新的比 较建模和折叠识别的算法导致网上各种预测 方法的出现，这包括结构预测 meta- 服务器。 蛋白质三维结构预测服务通过因特网对 公众免费开放 ( 同源建模 ) ： 瑞士生物信息研究所 SWISS-MODEL 丹麦技术大学生物序列分析中心