Lammps程序基础知识.ppt

Lammps程序;关于lammps基础知识;(1) Initialization;;（2）Atom definition;(3)Settings;Suppliment ;fix ID group?ID style args· ID = user?assigned name for the fix ID是用自己定义的名字，便于通过fix定义· group?ID = ID of the group of atoms to apply the fix to· style = one of a long list of possible style names (see below)· args = arguments used by a particular styleExamples:fix 1 all nvefix 3 all nvt temp 300.0 300.0 0.01fix mine top setforce 0.0 NULL 0.0;对于run 100 start 0 stop 1000 这个语句来说，主要与fix语句配合使??。fix 1 all nvt 200.0 300.0 1.0 这两个指令的功能是在接下来的1000步运行中，每run 100步，温度都要从200度升到300度;;;Every 的作用是将一个run分成一系列较短的runs variable q equal x run 6000 every 2000 print Coord = $q每运行2000步输出一次某原子的x坐标值;要设定一组原子的温度, 那么用group命令定义哪些原子属于这个组才行; 每个命令的详细介绍中的Restrictions部分会说明要使用该命令定义的时候哪些命令必须要被预先定义; 如果你的输入文件书写的格式有问题, lammps在执行的时候会提示ERROR或者WARNING , 出现类似信息时, 你可以到手册的第九章中查询原因; ;(4)Run a simulation;Commands listed by category;Initialization: atom_modify, atom_style, boundary, dimension, newton, processors, units; Atom definition: create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate; Force fields: angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, dihedral_coeff, dihedral_style, improper_coeff, improper_style, kspace_modify, kspace_style, pair_coeff, pair_modify, pair_style, pair_write, special_bonds;;Settings: communicate, dipole, group, mass, min_modify, min_style, neigh_modify, neighbor, reset_timestep, run_style, set, shape, timestep, velocity; Fixes: fix, fix_modify, unfix; Computes: compute, compute_modify, uncompute; Output: dump, dump_modify, restart, thermo, thermo_modify, thermo_style, undump, write_restart; Actions: delete_atoms, delete_bonds, displace_atoms, displace_box, minimize, run, temper; Miscellaneous: clear, echo, if, include, jump, label, log, next, print, shell, variable.;Lammps中特殊符号含义;(5) 一行中第一个词是命令名, 后续的词是相关的参数. (6) 双引号内的文字空格被整体地当作一个参数, 其中的 # 或 $ 就没有前面说的作用了.;Pure Cu crystal; ;temperature = degrees K 温度 pressure = bars 压力 dynamic viscosity = P