基于公共数据库进行课题研究的案例分析（第五讲）.pdf

基于公共数据库进行课题研究的 案例分析 廖 奇 宁波大学医学院 liaoqi@ 主要内容 • 实例讲解GEO数据的下载、处理和分析 • 实例讲解TCGA数据的下载、处理和分析 1）数据整理 实例 间充质压型间差异高表 2 ）基于多组学分析挖掘 达的基因 （2942 ） OC核心的miRNA-target 网络 启动子甲 miRNA表 多重线性回归模型 基化探针 达量 信号 基因拷贝 数 253基因至少含有 1个影响因素 Targetscan预测 miRNA靶基因 219 genes regulated by 19 miRNAs miRNA DNA拷贝数变异， 红色表示增加， 绿色表示减少 DNA 甲基化变异 3 ）对219个miRNA相关基因 进行K mean （k=2 ）聚类， 得到两类间充质亚型 Overexpression of miR-506 in OvCa cells is sufficient to induce 4 ）挖掘核心的miRNAs epithelial phenotype by targeting SNAI2 5 ） 选 取 m i R N A N钙黏蛋白 ， 进 行 实