3.2 核酸分子生物标志物.pdf

核酸分子生物标志物 生物标志物 （biomarker ） 分子生物标志物 （molecular biomarker） 分子生物标志物的分类：  核酸分子生物标志物 （DNA和RNA）  蛋白质生物标志物  代谢产物生物标志物 核酸分子生物标志物 DNA分子生物标志物 基于基因突变的分子生物标志物 基于基因多态性的分子生物标志物 基于DNA甲基化修饰的分子生物标志物 基于线粒体DNA的分子生物标志物 RNA分子生物标志物 基于转录产物的分子生物标志物 DNA分子生物标志物 一、基于基因突变 （DNA序列的改变或重排）的分子生物标志物 （一）点突变（point mutation） （二）插入/缺失突变（insertions and deletions,indels） （三）动态突变（dynamic mutation） 某医院分子诊断检测项目 （基于基因突变） DNA分子生物标志物 二、基于基因多态性的分子生物标志物 多态性（polymorphism） 在同种生物不同个体的基因组中，同一 位置的DNA序列具有不同的碱基排列顺序， 且在人群中具有一定的分布频率 （1％）。 DNA多态性的四种形式： 限制性片段长度多态性 （第一代DNA分子标记）； 微卫星和小卫星多态性（第二代DNA分子标记）； 单核苷酸多态性（第三代DNA分子标记）； 拷贝数多态性； 限制性片段长度多态性——RFLP （restriction fragment length polymorphism） •第一代DNA分子标记。 •限制性内切酶可识别特异的DNA序列，在识别位 点切开DNA分子，产生特定长度的片段。 限制性片段长度多态性——RFLP （restriction fragment length polymorphism） 对于不同的个体而言，其DNA序列存在差别，如果这 种碱基替换恰好发生在限制性内切酶的切割位点，就会造 成酶切位点的减少或增加，或导致酶切片段长度的变化。 串联重复序列（tandem repeats） • 人类基因组10%～15%是串联重复序列，为高度重复序列，以各自的核心序 5 6 列（重复单元）首尾相连多次重复，长度可达10 bp～10 bp，又称为卫星DNA （satellite DNA），主要存在于染色体的着丝粒区域，通常不被转录。 • 小卫星DNA （minisatellite DNA）由10bp～100bp组成的重复单位重复几 十到几百甚至几千次，形成的1kb～5kb的短DNA，又称为可变数目串联重复 （variable number of tandem repeats，VNTR）。 • 微卫星DNA （microsatellite DNA）核心序列为1bp～6bp，可重复上百次， 又称短串联重复 （short tandem repeat，STR），有单纯STR、复合STR和间 隔STR等，如（CA）n、（TG）n、（CT）n （AG）m、（CT）n CAG （GT）m等。 VNTR/STR 酶切结果 第二代DNA分子标记 单核甘酸多态性 （single nucleotide polymorphism，SNP） •第三代DNA分子标记。 是指单个核苷酸变异 （置换，缺失，插入等） 而形成的DNA分子多态。 单核甘酸多态性 （single nucleotide polymorphism，SNP） 在人类基因组中广泛存在，每300 ～1000个核苷酸就有一个SNP， 占所有已知多态性的90%以上。 根据SNP在基因组中的位置 编码区SNP （coding region SNP，cSNP） 基因周边区SNP （perigenic SNP，pSNP） 基因间SNP （intergenic SNP，iSNP） SNPs通常