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20 14年7月7 日 [转载]关于LAMMPS输出 【Output】的问题 zz_ 阿鹿_新浪博客 无论任何模拟，我们都是想从模拟中得到我们想要的数据 【data】，然后分析这些数据，从而提取出相关的信息 【MAYBE新 的发现】，那么数据的输出是 必然的一道程序，下面谈谈LAMMPS软件是如何输出data。 LAMMPS中处理的输出数据主要分一下三个大的部分： 1.断点数据，这个主要是为了防止模拟过程中出现意外，比如实验室或机房突然断电，程序部分阶段有错误等等。 2.系统热力学量的输出，这些量一般是体系中各个原子的集体行为量，比如温度，压强等 3.单原子详细信息的输出，如我们想得到的轨迹文件 对应于上面的三大部分，LAMMPS设置了不同的命令，有些命令结合在一起实现相关的功能。 1.对于断点数据，原始数据，LAMMPS主要有一下命令进行数据的输入输出。read_data，read_restart 【读入】， restart，write_restart 【输出】，如果能灵活运用这几个命令，会让你的模拟在突发事件下得到经济上的收获。其中命令 里有两类通配 符，* 表示时间步，% 表示CPU编号。 2.全局热力学数据，也就是所谓的thermodynamic output，这些量是面向于系统的，而不是面向于某一类，某一组，原子 的。一般是系统 宏观信息的数据。处理这些数据的命令主要有如下几个 thermo, thermo_modify, thermo_style[这个命令对于初学者要 认真研究和调试]，还有相关的把单原子信息转换为 【global quantities】的辅助命令：fix ave/time，fix ave/ spatial， compute reduce 这些命令可以自己设定输出的频率，文件名等等。thermo_style 和 compute/ fix/variable命令结合进行数据的处理和输出是个大学问，这个需要不断的调试才能熟练掌握。其实研究variable compute 和少数 关于数据处理的fix可以节约你大量后期数据处理的时间。 3.单原子数据。相关命令主要有dump, dump_modify,undump.时刻牢记这些命令用于处理atom的数据对于你出现的错误 就有敏感 性了，呵呵。 4。echo,print,fix print结合variable可以用于调试你的脚本，纠错。 5.秀个例子，用于输出setforce， group原子于其他相互作用力 #­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­ fix                   3   tetras setforce 0.0 0.0 0.0 variable             fx   equal f_3[1] variable             fy   equal f_3[2] variable             fz   equal f_3[3] fix                   4 tetras print 1 ­­ ${fx}   ${fy}   ${fz} ­­ #­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­ thermo                 2 thermo_style         custom step f_3[1]   f_3[1]   f_3[1] #­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­ 以上由redream/一下是fc所写 关于output，手册4.15，曾粗略翻译过 除了restart文件，LAMMPS还有两种基本的输出。第一种是热力学输出，每隔一定的时间步就打印到屏幕和log文件的一列 数。第二种是dump 文件，包括按照一定的频率写入文件的原子位置快照和各种per­atom数值。每个模拟打印一组热力学输出；可能生成任意数 目的dump文件。如下所讨 http://blog.sina ./s/blog_6e