野菊与毛华菊自然杂交种的初步鉴定.pdf

符号说明 BI:bayesian inference, 贝叶斯推理 CDS:coding sequence, 编码区 CTAB:cetyltrimethylammoniumbromide, 十六烷基三甲基溴化铵 EST:expressed sequencetag, 表达序列标签 GPA:generalizedprocrustesanalysis, 普氏叠印法分析 Hap:haplotype, 单倍型 ISH:in situhybridization, 原位杂交技术 MCMC:markov chain montecarlo, 马尔可夫链蒙特卡洛 ME:minimum evolution, 最小进化法 ML:maximum likelihood, 最大似然法 MP:maximumparsimony, 最大简约法 NJ:neighbor-joining, 邻接法 PCA:principalcomponent analysis, 主成分分析 PCO:principalcoordinatesanalysis, 主坐标分析 PCR:polymerasechain reaction, 聚合酶链式反应 RAD:restriction siteassociatedDNA, 限制性位点相关DNA RAPD:random amplifiedpolymorphicDNA, 随机扩增多态性DNA 标记 SSR:simple sequencerepeat, 简单重复序列标记 STR:shorttandemrepeat, 短串联重复序列 目录 中文摘要I AbstractII 1 引言 1 1.1 研究背景1 1.1.1 自然杂交1 自然杂交与物种形成1 自然杂交与基因渐渗1 1.1.2 自然杂交的研究方法2 形态学分析2 分子标记方法2 系统发育分析方法3 1.1.3 叶绿体基因组4 1.2 野菊与毛华菊的概况5 1.2.1 野菊与毛华菊的地理分布及形态特征5 1.2.2 野菊与毛华菊的形态学研究7 1.2.3 野菊与毛华菊的分子标记研究7 1.2.4 野菊与毛华菊的自然杂交研究8 1.3 研究目的及意义8 2材料与方法 10 2.1 研究材料10 2.1.1 研究样本采集的概况10 2.1.2 主要试验仪器12 2.1.3 主要试验试剂12 2.2 研究方法12 2.2.1 形态学分析12 2.2.2 植物总DNA 的提取14 DNA 的提取14 DNA 质量检测15 2.2.3 引物的筛选15 微卫星引物的多态性检测与筛选15 叶绿体DNA 引物的多态性检测与筛选16 2.2.4 SSR 等位基因的读取 16 2.2.5 种群遗传结构分析18 2.2.6 叶绿体DNA 的trnL-trnF 间隔序列测序分析19 3 结果与分析21 3.1 形态学鉴定结果及分析21 3.1.1 花和叶片的形态对比图21 3.1.2 基于叶片标志点的主成分分析聚类结果24 3.2 微卫星鉴定结果及分析25 3.2.1Structure 聚类分析结果25 3.2.2PCO分析聚类结果27 3.3 叶绿体DNA 的 trnL-trnF 间隔序列结果与分析27 3.3.1 序列信息27 3.3.2 单倍型地理分布图、网络图以及系统发育分析29 4 讨论31 4.1 形态学标记选择的合理性31 4.2 毛华菊种内差异31 4.3 疑似野菊与毛华菊的自然杂交种32 4.4 种群遗传结构和地理分布32 4.5 部分形态标记与分子标记鉴定结果的不一致性33 4.6 微卫星标记的优越性34 4.7 野菊与毛华菊的保护与利用34 4.8 进一步研究设想35 5 结论36 参考文献37 致谢47 山东农业大学硕士专业学位论文 中文摘要 野菊 （Chrysanthemum indicum）广泛分布于中国的东北、华北、华中、华南以及 西南各地区，叶片呈现羽状半裂或者浅裂，具有黄色的舌状花。毛华菊（Chrysanthemum vestitum）主要原产于中国的湖北省、河南省及安徽省。根据形态学特征和地理分布， 毛华菊可以分为两个变种：狭叶毛华菊 （Chrysanthemum vest