2015高通量测序专题培训：miRNA分析介绍.pdf

封面页 （设计好之后可以删掉这个文本框哦） miRNA分析介绍 袁力赟 2015-8-28 主要内容  背景介绍  实验流程  分析流程、常用软件  初级分析  高级分析  生物学意义分析 Non-Coding RNA Non-coding RNA的分类  管家ncRNA: 持续表达，是保持细胞正常和活力的所必须， rRNA, tRNA, snoRNA, snRNA, scRNA  调控ncRNA: 只在特定时期表达（比如物种发育，外界刺激）等调控其他基因的表达； micRNA, siRNA, piRNA等 PiRNA：Gene silencing scRNA ：protein synthesis and transport snRNA ：Pre-mRNA splicing miRNA ：gene expression snoRNA ：rRNA modification rRNA tRNA Small RNA RNA Length(nt) rRNA 120- tRNA 70-90 snoRNA 60-400 snRNA 100-300 scRNA 100-300 miRNA 18-25 siRNA 18-21 piRNA 22-33 siRNA miRNA miRNA的产生过程 miRNA hairpin micRNA  在所有的small RNA 中miRNA是最保守的，调控作用和范围比较广泛，目前研究 的比较成熟的调控RNA。  1993年Victor Ambros 等人在线虫中发现第一个miRNA LIN-4,调控lin- 14蛋白质丰 度。  2000 年发现第二个let-7, 抑制lin-41, lin- 14, lin-28, lin-42, daf- 12 蛋白质的表达。  2014 年miRBase 已经收录219个物种，28646个成熟miRNA序列。 micRNA权威数据库  miRBase : miRNA序列数据、注释、预测靶基因等信息的全方位数据库， 存储信息最全的公共数据库之一  miRGene : miRNA基因组及调控数据库  miRNAMap : miRNA 基因组图谱及miRNA靶基因  PMRD ：植物miRNA数据库 /index.shtml