2015高通量测序专题培训：分子进化基础.pdf

分子进化基础 中国科学院上海生命科学研究院 系统生物学重点实验室 王振，PhD zwang01@sibs.ac.cn 苏州贝斯派生物科技有限公司 提纲  进化距离 —进化距离的概念 —核苷酸模型 —氨基酸模型 —密码子模型  进化树 —进化树的概念 —分支长度估计 —拓扑结构的搜索和检验 苏州贝斯派生物科技有限公司 序列的进化距离 AATGAAAGAATCGC ACTGGAGGA-TCGC Match Seq1-AATGAAAGAATCGC |*||*|*||-|||| Seq2-ACTGGAGGA-TCGC Mismatch Indel 核酸序列的进化距离：平均每个位点的核苷酸替代次数 苏州贝斯派生物科技有限公司 P距离 •定义：进化距离是指平均每个位点的核苷酸替代次数。 •假定：每个位点至多只发生一次核苷酸替代，计算Seq1和Seq2 的 进化距离（p距离）。 Seq1-AATGAAAGAATCGC |*||*|*||-|||| Seq2-ACTGGAGGA-TCGC •Match位点数：10 Mismatch位点数n ：3 d Indel位点数：1 •有效位点总数n ：10 + 3 = 13 •p距离d =n /n=3/13 = 0.23 p d 苏州贝斯派生物科技有限公司 进化距离的方差 Seq1-AATGAAAGAATCGC Seq1-AATGAAAGAAT |*||*|*||-|||| |*||*|*||-| Seq2-ACTGGAGGA-TCGC Seq2-ACTGGAGGA-T n=13 n=10 n =3 n =3 d d d =0.30 d =0.23 p p Var(d )=0.02 Var(d )=0.01 p p •进化距离是与序列长度（样本大小）有关的统计量 •在统计学中，用方差（标准差/标准误）衡量统计量的波动大小 •序列越长，方差越小 •P距离d =n /n 的方差为Var(d )=d (1-d )/n p d