TOPHA与CUFFLINKS的处理作业流程.docxVIP

topha和cufflinks处理步骤 第一个推荐： 今天一个同学给我推荐一篇NatureProtocol上文章，相关转录组差异表示分析。尚在正式通读之前习惯性浏览一遍图表，说实在这篇文章着实让我认为有点“另类”。这是一篇活生生利用Bowtie、tophat和Cufflinks做转录组差异表示分析protocol。里面具体讲解每一步需要分析什么，用哪些些软件，已经相关命令和参数。 依据文章介绍workflow，做转录组分析，不管是链特异性转录组数据（Strand-specificRNA-seq）还是非特异性数据，关键内容包含下面多个部分： 1）readsmapping，这里面推荐两款软件一个是Bowtie，另一个是tophat（此软件相对于Bowtie或bwa，能够识别转录本可变剪接） 2）转录组本组装（利用Cufflinks），转录本和已经有基因组注释比较（利用Cuffcompare）、合并（利用Cuffmerge），转录组本差异表示分析（利用Cuffdiff）。 下面附上原文中两张图片供大家快速预览转录组分析大致过程，其中图1是转录组分析中可能会用到软件和相关功效，图2：是转录本分析通常步骤。 图1 图2 相关转录组分析相关软件在分析数据过程中命令和参数，这里就不附加上来了，请大家直接阅读原文。 第二个推荐： 在转录组高通量测序数据分析过程中，关键就是转录本构建（拼接）及表示水