实验3两条序列比对与多序列比对.pdfVIP

实验三：两条序列比对与多序列比对 实验目的： 学会使用 MegAlign ，ClustalX 和 MUSCLE 进行两条序列和多条序列比对分析 实验内容： 双序列比对是使两条序列产生最高相似性得分的序列排列方式和空格插入方式。两条序 列比对是生物信息学最基础的研究手段。第一次实验我们用 dotplot 方法直观地认识了两条 序列比对。但是 dotplot 仅仅是展示了两条序列中所有可能的配对，并不是真正意义上的序 列比对。这里介绍进行两条序列比对的软件 -MegAlign 。 多序列比对是将多条序列同时比对，使尽可能多的相同（或相似）字符出现在同一列中。 多序列比对的目标是发现多条序列的共性。如果说序列两两比对主要用于建立两条序列的同 源关系，从而推测它们的结构和功能，那么，同时比对多条序列对于研究分子结构、功能及 进化关系更为有用。多序列比对对于系统发育分析、蛋白质家族成员鉴定、蛋白质结构预测、 保守模块的搜寻等具有非常重要的作用。 我们这节课主要学习多条序列比对的软件 -ClustalX, MUSCLE。 一、 MegAlign