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精品文档 ·可编辑版 MEGA 软件构建系统发育树 摘要 ：以白色念珠菌属下面的十个种的 18s RNA 为例，构建系统发育树来说明 MEGA 软件的使用方法。 1 背景简介 1.1 MEGA （分子进化遗传分析） MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis。MEGA is an integrated tool for automatic and manual sequence alignment, inferring phylogenetic trees, mining web-based databases, estimating rates of molecular evolution, and testing evolutionary hypotheses. MEGA 可用于序列比 对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通过网络 （NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。 　　最新版本：MEGA 5.1 Beta (软件开发者建议其结果不用于发表文章) 　　建议下载版本：MEGA 5.05 for Windows and Mac OS。 　　MEGA 5 has been tested on the following Microsoft Windows® operating systems: 　　Windows 95/98, NT, 2000, XP, Vista, version 7, Linux and Mac OS [1]. 　　MEGA 5.05 可免费下载，只需输入名字及有效邮箱，下载链接会发送至邮箱，点 击可下载。 1.2 系统发育树定义 系统发育树（英文：Phylogenetic tree ）又称为演化树（evolutionary tree ），是表明被 认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。是一种亲缘分支分类方法（cladogram ）。 在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离 （如估计的演化时间） 1.3 系统发育树的分类 根据有根和无根来区分：树可分为有根树和无根树两类。有根树是具有方向的 树， 根据系统发生树可推断出物种的起源包含唯一的节点，将其作为树中所有物种 的最近共同祖先。最常用的确定树根的方法是使用一个或多个无可争议的同源物种 精品文档 ·可编辑版 作为外群 （英文 outgroup），这个外群要足够近，以提供足够的信息，但又不能太 近以至于和树中的种类相混。把有根树去掉根即成为 无根树 。一棵无根树在没有 其他信息 （外群）或假设 （如假设最大枝长为根）时不能确定其树根。无根树是没 有方向的，其中线段的两个演化方向都有可能。 　　基于单个同源基因差异构建的系统发生数应称之为基因树 。因为这种树代表 的仅仅是单个基因的进化历史。而不是它所在物种的进化历史。物种树一般最好是 从多个基因数据的分析中得到。例如一项关于植物进化的研究中，用了 100 个不 同的基因来构建物种树，因为进化是发生在生物体种群水平上的，而不是发生在个 体水平上的，虽然表面上不需要更多的数据，但实际上还是有必要的。基因树和物 种树之间的差异是很重要的，如果只用等位基因来构建物种数，那许多人人和大猩 猩就会分到一起，而不是和其他人分到一起。 1.4 构建方法 要构建一个进化树 （phyligenetic tree）。构建进化树的算法主 要分为两 类：独立元素法 （discrete character methods）和距离依靠法 （distance methods）。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个状态决定的， 而距离依靠法是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。进化树枝条的 长度代表着进化距离。独立元素法包括最大简约性法 （ Maximum Parsimony methods）和最大可能性法 （Maximum Likelihood methods）；距离依靠法包括除 权配对法 （UPGMAM）和邻位相连法 （Neighbor-joining）。 2 蛋白质序