第七章分子系统发育分析 进化树[整理].ppt

序列 位点1 位点2 位点3 位点4 位点5 位点6 1 G G G G G G 2 G G G A G T 3 G G A T A G 4 G A T C A T 不变位点 非信息位点 非信息位点 非信息位点 信息位点 信息位点 ((1,2)(3,4)) ((1,4)(2,3)) ((1,3)(2,4)) T * 精品PPT·实用借鉴 信息位点的共同特征： 如果一个位点是信息位点，那么它(1)至少有两种不同的核苷酸，并且(2)这些核苷酸至少出现两次。 * 精品PPT·实用借鉴 5.1.2 无权简约法 最简约树：考虑每个信息位点所有可能的树，分别给每棵树进行打分，统计每个位点的核苷酸最小替换数目。所有简约信息位点最小核苷酸替换数的总和最小的树记为最简约树。 4条序列比对的例子可能是最简单的例子： 在只包含4条序列的分析中，每个信息位点只能支持 3 棵可能的树中的1棵，含有最多信息位点的树就是最简约树。 * 精品PPT·实用借鉴 5条或更多序列数据集的计算复杂得多。原因在于： ⑴ 随序列数增加，无根树数目也增加； ⑵ 每个信息位点可能有多棵树，整个数据集的最大简约树不一定是含最多信息位点的树； ⑶ 每棵树的核苷酸替换数目的计算更加困难。 n个物种可能得到无根系统发生树 (Nu) 数目： Nu=(2n-5)!/2n-3(n-3)! * 精品PPT·实用借鉴 下图是描述5条不同序列之间关系的15棵可能无根树中的3棵。这3棵无根树有相同的简约度，它们的最小替换数都是2。由简约规则，推断出的祖先的候选核苷酸分别列在每个内部节点的旁边。 T 5 1 2 3 4 6 7 8 9 G G A A G A (GA) (GAT) (a) A 1 2 3 4 5 6 7 8 9 G G T A G A (GT) (GTA) (b) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 G T G A A G G A (GA) ( c ) 计算祖先核苷酸位置的算法： 如果一个内部节点的两个直接后代节点上的核苷酸的交集非空，那么这个节点的最可能的候选核苷酸集就是这个交集； 否则为它的两个后代节点上的核苷酸集的并集。 * 精品PPT·实用借鉴 构建系统进化树的方法 ——距离法 又称距离矩阵法，首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推导得出分类群之间的进化距离，构建一个进化距离矩阵。进化树的构建则是基于这个矩阵中的进化距离关系 。 * 精品PPT·实用借鉴 构建系统进化树的方法 ——距离法 简单的距离矩阵 * 精品PPT·实用借鉴 由进化距离构建进化树的方法有很多，常见有： (1) Fitch-Margoliash Method (FM法): 对短支长非常有效 (2) Neighbor-Joining Method (NJ法/邻接法):求最短支长，最通用的距离方法 (3) Neighbors Relaton Method(邻居关系法) (4) Unweighted Pair Group Method (UPGMA法/非加权组平均法) 构建系统进化树的方法 ——距离法 * 精品PPT·实用借鉴 DE距离=d+e (1) D到ABC间的平均距离=d+m (2) E到ABC间的平均距离=e+m (3) (2)-(3)+(1) d=4,e=6 构建系统进化树的方法 ——FM法 * 精品PPT·实用借鉴 C最接近DE！ 分成三组：C, DE, 以及AB 构建系统进化树的方法 ——FM法 * 精品PPT·实用借鉴 c+g+(e+d)/2=19 (1) c+f+(a+b)/2=40 (2) (e+d)/2+(a+b)/2+f+g=41 (2) (1)+(2)-(3) 得：c=9 构建系统进化树的方法 ——FM法 * 精品PPT·实用借鉴 c+g+(e+d)/2=19 (e+d)/2=5,c=9,则g=5 构建系统进化树的方法 ——FM法 * 精品PPT·实用借鉴 由：(a+b)/2+f+g+(d+e)/2=41 得：f=20 由：a+f+c=39 得：a=10，则b=12 构建系统进化树的方法 ——FM法 * 精品PPT·实用借鉴 1. 最大似然法(maximum likelihood, ML): 最早应用于对基因频率数据的分析上 2. 选取一个特定的替代模型来分析给定的一组序列数据,在每组序列比对中考虑每个核苷酸替换的