pymol基础教程（整理）（一）.pdfVIP

简介安装 Pymol 是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由 Warren Lyford DeLano 编写，并且由 DeLano Scientific LLC 负责商业发行。 Pymol 被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软 件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是 使用 Pymol 来制作的。 Pymol 名字的来源： “Py”表示该软件基于 python 这个计算机语言， “Mol”则 是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需 要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006 年 8 月 1 日起，DeLano Scientific 对事先编译好的 PyMOL 执行程序（包 括 beta 版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码 目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1. 如果你是 Windows 用户，首先下载 Pymol 的源代码。 2. 然后安装 CygWin，并且确保正确安装以下模块： ▪ C++ (gcc or g++ package name) ▪ Python ▪ OpenGL ▪ PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 3. 如果你是 Linux 用户，首先确保以下东东已安装： ▪ Python ▪ Pmw ▪ OpenGL driver （我用的是NVdia） ▪ libpng ▪ Subversion client （下载源代码需要） 然后下载 Pymol 的源代码 $ mkdir pymol-src $ svn co /svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 1 # python setup.py install # python setup2.py install 拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了 # cp ./pymol /usr/bin 如果运行时得到错误信息ImportError: No module named Pmw，那么你 应该运行 # python setup2.py install pmw 如果你在使用 Gentoo，请确保编译 python 时添加了 tcl/tk 支持，否则 运行是会提示错误ImportError: No module named _tkinter # USE=tcl tk emerge python 好了，下面我们就可以进入 Pymol 的世界了。 基本的鼠标操作 里主要介绍一下 Pymol 的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标 操作等等。 当你打开 Pymol 后，你将会看到如下图所示的界面： 2 该界面分为 2 窗口，上面的外部GUI 窗口（External GUI）和下面的Viewer Window。 Viewer Window 又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则 是一个内部 GUI 窗口（Internal GUI)。Viewer 自身包含一个命令行（如图中左 下方的 PyMOL提示符），可以用来输入 Pymol 命令；在 Inernal GUI 中则可以 选定一些特定的对象并完成一些操作。External GUI 则包含一个标准菜单、一 个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。请注意，标准的 “复 制、剪切和粘贴”操作只能在 External GUI 中完成，并且必须使用 “Ctrl＋C、 C