circRNAceRNA机制及参考数据库分析.pptVIP

1、circRNA转录前调控——甲基化 2、circRNA合成调控——成环调控？ 3、circRNA转录后调控——mRNA的转录 4、circRNA转录后调控——ceRNA机制 5、circRNA翻译分析————形成蛋白 目录 PART 1 circRNA转录前调控——甲基化 * 随着ncRNA增加，mRNA没有成线性变化，而保持在平稳状态，当然也有偶尔的例外，同时进化上越完善的生物，ncRNA含量越多，这是否说明进化越完善的物种，发生多种调控事件越多呢？ * 在当时，circRNA仅仅被认为是一类由外显子转录本发生错误剪接而形成的低丰度RNA分子 * 但近年来，随着RNA测序(RNA sequencing，RNA-seq) 技术的广泛应用和生物物理学技术的快速发展，人们发现人类许多外显子的转录本可被非线性地反向剪接或通过基因重排而形成circRNA，且它们在所有剪接转录本中占了相当大的比例。 3种白细胞进行去除rRNA的RNA-seq测序分析，采用的是PE80的方法，不但分析获得了近千个CircRNA，同时对分析了两种pre-mRNA剪切形式形成CircRNA，并利用RNaseR确定了这些特殊剪切得到的RNAs不能被RNaseR降解。 * 目前发现的环形RNA分子根据其在基因组中的来源及其构成序列的不同可以分为以下三类，即外显子来源的环形RNA分子(exonic circRNAs)，内含子来源的环形RNA分子(circular intronic RNAs,ciRNAs)以及由外显子和内含子共同组成的环形RNA分子(retained-intron circRNAs)。 * 目前发现的环形RNA分子根据其在基因组中的来源及其构成序列的不同可以分为以下三类，即外显子来源的环形RNA分子(exonic circRNAs)，内含子来源的环形RNA分子(circular intronic RNAs,ciRNAs)以及由外显子和内含子共同组成的环形RNA分子(retained-intron circRNAs)。 * * 1 促进转录 内含子环化RNA（ciRNA）和外显子-内含子环化RNA（elciRNA）在细胞核内与转录机器（Pol Ⅱ与U1 snRNP）互作，促进“亲本”（parent gene）转录。 2 mRNA“陷阱” 环状RNA与线性RNA转录本都是来自初始转录本， circRNA与成熟的线性RNA的丰度之间呈负相关关系，针对这个特性有的研究人员作为biomarker研究一个方向。 3 microRNA SpongecircRNA本身具有microRNA的结合位点，可以作为竞争性内源RNA（competing endogenous RNAs，ceRNA）影响miRNA的转录后调控。 4 翻译潜能 外显子环化的RNA包含核糖体进入位点，在开环时可被核糖体结合并翻译为蛋白质。目前在病毒中发现。 * 在细胞水平经过CircRNA的发现和功能研究，确定某CircRNA具有想要的功能，之后利用转基因小鼠模式进行具体分析，同时结合临床数据筛选出的靶标CircRNA，构建诊断模型，为后期靶向用药和开始诊断试剂盒提供基础。 * 膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、胃癌、肝癌、宫颈癌、大肠癌 CR：环化率，根据测得reads片段跨越邻近反向剪切连接处和线性剪切位点的数目进行计算5’末端和3’末端形成circRNA的环化率。 。 * 测定半衰期的方法无非是用转录抑制剂 放线菌素D抑制细胞内基因转录后，在不同时间点收集总RNA，然后做northern或者rt-pcr，比较不同时间点mRNA丰度的变化. * SINEs：短分散重复序列 * 1、转染48h后继续宁荧光染色，edu为红色，核酸为DAPI着色（蓝色），HEK人胚肾细胞 Edu，5-乙炔基-2‘-脱氧尿苷。在检测洗吧增值中的应用：/p-961679517.html 2、协同定位表明circHIPK3的确能与miR-124发生相互相互作用 3、缺失和挽救实验 将circHIPK3缺失后，miR-124靶标分子IL6R和DLX2的表达力下调。 高表达circHIPK3后，miR-124靶标分子IL6R和DLX2的表达力恢复。 * * 与全转录组测序比较：优点在于降解线性RNA，特异性高；能够检测较全的circRNA；全转录组测序优点：实验方法成熟，无需额外建库；能够与mRNA、lncRNA测序结果联合分析，进行差异关联； * * * 1、IRES是internal ribosome entry site的简写，是一种具备募集核糖体并实现核糖体组装和后续阅读框翻译蛋白的RNA调控元件。 2、ORF是Open Reading Frame的简写，指的是对应于蛋白氨基酸序列的