胃癌体细胞突变图谱的构建及特征性点突变的功能挖掘与验证.pdf

摘 要 摘 要 胃癌是中国发病率排名第二、死亡率排名第三的恶性肿瘤。晚期胃癌患者治疗效果 较差，其中主要原因是胃癌组织基因突变的多样性与多克隆性，及其与微环境（包括机 体免疫系统）长期互动演变赋予复杂的生物学特性。近年来，随着高通量测序技术的不 断发展，癌症突变图谱和癌症基因组学研究已取得快速的突破，然而胃癌的全外显子组 突变图谱特征和分子功能机制尚不完全清楚，迫切需要对胃癌基因突变特征及其生物学 功能深入研究，从而为胃癌精准医学提供理论基础和转化医学依据，具有重要的临床意 义和社会价值。 本论文对 46 例胃癌患者的癌组织和癌旁组织进行了全外显子测序（Whole Exome Sequencing，WES ）和生物信息学分析，构建了胃癌全外显子组突变图谱，分析了胃癌 分子突变特征，并进一步在国际癌症基因组联盟（International Cancer Genome Consortium ，ICGC ）数据库中的胃癌WES 数据集中进行分析与验证，再结合患者的病 例信息和预后随访数据，挖掘与临床治疗相关的候选突变基因和突变位点，并运用体内 外实验验证特征性基因突变的生物学功能和临床意义。本论文的主要内容和结果如下： 1. 通过WES 和生信分析，提示了胃癌体细胞突变图谱及突变特征。从江南大学附 属医院随机抽取 1200 份胃癌的电子病历，筛选出 111 份具有完整的诊断、随访信息且 完好足量的癌和癌旁正常组织样本，通过基因组DNA 抽提、文库构建、外显子捕获、 测序得到Fastq 格式的测序原始数据，然后使用FastQC 进行数据质控，GATK4 Mutect2 检测体细胞突变，Funcotator 对体细胞突变进行功能注释，Maftools 包对体细胞突变进 行数据统计分析和可视化展示，最终得到46 例胃癌突变图谱特征。主要结果包括：（1） 前 10 位高频突变的基因为TP53 （51% ）、TTN （49% ）、FLG （30% ）、SYNE1 （30% ）、 HMCN1 （26% ）、ASPM （26% ）、DNAH5 （23% ）、FSIP2 （23% ）、XIRP2 （21% ）、MUC16 （21% ）；突变负荷为6.494 ± 1.067 bp/Mbp 。（2 ）在突变分类上，错义突变占比85.51%， 移码缺失突变占比 6.56%，无义突变占比4.22% ，移码插入突变占比 1.79%，框内缺失 突变占比 1.48%，框内插入突变占比0.33%，无终止密码突变占比0.09% ；在变异类型 上，单核苷酸变异占比89.83%，缺失突变占比8.07%，插入突变占比2.12% ；在单核苷 酸突变类型上，C>T 突变占比62.30%，C>A 突变占比15.86%，T>C 突变占比13.62%， T>G 突变占比5.32%，C>G 突变占比6.84%，T>A 突变占比4.07% ；转换突变占比82.82%， 颠换突变占比 17.17%。（3 ）药物基因组显著富集突变的基因为TP53、APOB 、FAT3 、 HMCN1 、MUC16 和OBSCN ；（4 ）显著性富集的突变通路为RTK-RAS 、PI3K 、TGF-Beta 、 WNT 和 TP53 （P < 0.01 ）；（5 ）TP53 被显著富集为驱动基因 （MutSigCV 算法和 oncodriveCLUST 算法）。这些结果从基因组分子水平提示了胃癌体细胞突变特征，提示 胃癌体细胞突变方式存在着多样性；TP53、MUC16 和HMCN1 突变可能影响药物治疗 效果；RTK-RAS 、PI3K 、TGF-Beta 、WNT 、TP53 通路突变可能和胃癌的发生发展有关。 2. 通过对不同数据集胃癌基因突变图谱的交叉验证和进一步筛选，发现 TP53 R337C 突变是潜在不良预后标志物及潜在有害性突变位点。为了进一步探讨胃癌基因突 I 摘 要 变图谱特征，本文在ICGC 癌症测序数据库中，对美国（443 例）、日本（585 例）和中 国（北京大学肿瘤医院，123 例）的胃癌外显子测序数据集进行分析并绘制突变图谱。 在 TCGA 胃癌数据集中，根据临床病理信息和随访信息