生物信息学2-蛋白质分析讲课教案.ppt

生物信息学2-蛋白质分析;认识蛋白质的四个视角;视角1：蛋白质家族;视角1：蛋白质家族;http://smart.embl-heidelberg.de/;;多结构域蛋白的分析;寻找指纹-Prosite;检索结果：读取pattern;[LIVMFGAC]-[LIVMTADN]-[LIVFSA]-D-[ST]-G-[STAV]-[STAPDENQ]-{GQ}-[LIVMFSTNC]-{EGK}-[LIVMFGTA]. ;利用PHI-BLAST;;视角2：蛋白质的物理性质;较为常用的软件、网站;ExPASy Proteomics Server;Theoretical pI/Mw: 8.88 / 161939.88 ;/;跨膜区预测;螺旋卷曲结构的预测;蛋白质分析的巨无霸;AmiGO;GOA集大成者-UniProt;9月24日，瑞士生物信息学研究所(Swiss Institute of Bioinformatics，简称SIB)蛋白质序列数据库(Swiss-Prot)小组的成员们在伯尔尼(Bern)大教堂外展开了一卷写满目前人类所知20325种人类蛋白质描述的长幅，以庆祝该研究所的10岁生日。 ;UniProt Knowledgebase（UniProtKB）：这是蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等信息存取中心 ;人类肾上腺皮质激素受体蛋白在4.5亿年的时间里发生结构变化， 最终进化出了特定的功能。;UniProtKB是标准的GOA文件，在“Search in”框中，选择“UniProt Knowledgebase（UniProtKB）”，首先是使用“search”的文本检索功能，在Query框中输入“glucocorticoid receptor human”，旨在搜索人的肾上腺皮质激素受体。;熟悉一下UniProtRef ;接下来进行聚类分析。点击“Align”，出现在序列框中是个该子集中的所有序列的序列号码，见下图：;比对结果 ;基因组数据库;MAOA(单胺氧化酶A)基因启动子区可变串联重复序列数目 与反社会人格障碍攻击行为有关;谁更“毛利人”;ccggcaccggca ;在基因组数据库中检索人的MAOA基因;MAOA的基因区间43491011;MAOA的启动子区间43400353;CCGGCACCGGCA;/enhome.asp;建立文献数据库;选择第一项，建立一个新的EndNote文献数据库;在电脑里选择一个合适的文件夹作为EndNote的数据库存放地。;进入PubMed，输入“hTERT”，选择;选择带有;点击Reference，选择New reference，为数据库增加一篇新文献。;知道多少添多少 ;导入文献数据库;进入到PubMed的检索结果界面，选中目的文献 。 在dislay框中选择MEDLINE;保存为MEDLINE格式的文件;保存在数据库中;导入文件;选择要导入的文件格式;/wos ;Thomson ISI; ;专利;原名：Institute for Scientific Information 全球850 名员工 总部在美国费城Philadelphia, USA 在伦敦、悉尼、巴西、墨西哥、东京、新加坡、汉城、北京等地设有办事处 隶属Thomson Scientific;Dr. Eugene Garfield: 美国信息科学协会（ASIS）前任主席 The Scientist 主编 ;出版商：SCI数据库是由ISI公司出品，ISI现隶属于Thomson Corporation集团——全球提供信息资源及信息服务解决方案最领先的公司。 学科领域：ISI Web of Science包括ISI出版的三大引文索引数据库，覆盖了自然科学、工程技术、社会科学和艺术人文等领域百余个学科。 收录期刊及其揭示层次：收录约8500种学术期刊。提供所收录期刊中所有文献的详细书目信息、作者摘要和参考文献。;/wos ;选择感兴趣的文献;选择最后一项;导出;写文章， 插入参考文献、引用 ;写文献，插入引用 ;将光标放在要插入引用的位置。 打开EndNote，选择选中的文献;在工具栏当中选择Insert Seclected Citation ;结果如下： ;插入一个注解，在光标放在解的位置 在工具栏当中选择Insert Note;输入注解内容 ;点击OK ;;此课件下载可自行编辑修改，仅供参考！感谢您的支持，我们努力做得更好！谢谢