生物信息学之数据库及在线分析工具复习过程.ppt

生物信息学之数据库及在线分析工具; 数据库记录通常包括两部分;（一）数据库工具; AceDB 数据库工具;（二）各种生物数据库;EXON; 数据库种类很多;（1）GenBank /;…;Locus name（位点名） Accession number （注册号或登陆号） GI（GenInfo identifier） NID（Nucleotide ID）;The divisions of GenBank;The divisions of GenBank;（2）dbEST (Database of Expressed Sequence Tags) /dbEST/index.html;（3）UniGene 数据库 /UniGene/;（4）dbSTS (Database of Sequence Tagged Sites) /dbSTS/index.html;;（5）dbGSS (Database of Genome Survey Sequences) /dbGSS/index.html;（6）HTG (High-Throughput Genomic Sequences) /HTGS/;Phase 0;逐步克隆法clone-by-clone reliable but slow, and the mapping step can be especially time-consuming ;水稻基因组全基因组大小：430Mb；每个Reads 读长450bp；故覆盖每个水稻基因组所需反应：100万；覆盖水稻基因组8X，需要800万反应； 每个反应的测序成本为19元，800万反应总共需15200万人民币； 人力费800万人民币。 ;（7）基因组数据库 /sites/entrez?db=genome;（8）dbSNP (Database of Single Nucleotide Polymorphisms) 单核苷酸多态性数据库 /sites/entrez?db=snp; dbSNP主页输入关键词; ;（10）DDBJ (DNA Data Bank of Japan);（11）EPD (Eukaryotic Promoter Database) http://www.epd.isb-sib.ch/;2、蛋白质数据库;（2）TrEMBL (Translation of EMBL);（3）PIR (Protein Information Resource) ;（4）PRF (Protein Research Foundation) http://www.prf.or.jp/en/os.html;（6）Prosite /prosite;3、结构数据库; X 射线衍射图、 核磁共振（NMR） 光谱图和电镜图（文字和三维结构图）;（2）SWISS-3D IMAGE http://www.expasy.ch/sw3d/;4、酶和代谢数据库; 检索Genetic Information Processing; 检索Environmental Information Processing; 检索Cellular Processes;（2）PKR (Protein Kinase Resource) /pkr/Welcome.do;5、物种分类数据库;动物界（Animal） 脊索动物门（Chordata） 脊椎动物亚门（Vertebrata） 哺乳纲（Mammalia） 啮齿目（Rodentia） 鼠科（Muridae） 小家鼠属（Mus） 小家鼠种（musculus） ;Taxonomy /Taxonomy/taxonomyhome.html;6、文献数据库;（1）PubMed /PubMed/;（2）OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man);（3）Agricola /;7、向数据库提交和修改核苷酸和蛋白质序列;Growth of Sequence and 3D Structure Databases ;Signed by 256 researchers;（1）向 GenBank提交或修改核苷酸序列;（2）向 SWISS-PROT 提交或修改蛋白质序列;（三）上机操作;Xa26 nucleic acid sequence (DQ426646,6000 bp): …ATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAGAAA