北京化工大学2016年生物信息学考卷.docxVIP

北京化工大学 2016—2017 学年第一学期 《生物信息学》期末考试试卷 （A 卷） 课程代码 B I O 3 7 2 0 0 T 班级：  姓名：  学号：  分数： 题号  一  二  三  四  总分 得分 一 名词解释 （每题 2 分） 1. 终止密码子 2. 基因组 3. 比对 4. 近邻关系法 5. 最简约树 6. CpG岛 7. 重复元件 8. α螺旋 9. 同源建模 10. 聚合酶链式反应（ PCR） 二 简答题 （每题 5 分） 1．图示分子生物学中的中心法则，并注明相应于转录和翻译的各个步骤及相关 的重要的酶。 应该根据真核生物基因组的哪些特征，来识别真核基因？ 请画出原核生物基因结构图 , 并分别标出“开放阅读框” 、 “ RNA聚合酶起始转录的启动子区域” 、“调控蛋白结合的操纵子序列”的位置。 国际上权威的核酸序列数据库有哪些？蛋白质序列数据库有哪些？蛋白质结构数据库有哪些？ 三 写出下面  perl  程序的运行结果  （共计  15 分） （ 1） $a=a,$b=b,$c=c, $d=d; @name=(Guy,Tom,126,Roy,007); @list=(2..9); @items=($a,$b,$c, $d);  Guy,Tom,126,Roy,007 @empty=();  2，3，4，5，6，7，8，9 $size=@items;  a,b,c,d print @name\n@list\n@items[1]\n@empty; 2） $num1=50; $num2=100; $num3=0; print $num1 $num3,\n; print $num3 $num1,\n; print $num1 $num2,\n; print $num2 $num1,\n; print $num1 || $num3,\n; print $num3 || $num1,\n; print $num1 || $num2,\n; print $num2 || $num1,\n; 3） @name=(PKU,THU,BUCT,SJTU); print @name\n; delete $name[1]; print @name\n; print $name[1]; $size=@name; print the size is $size; 四 计算题 为以下序列比对确定比对得分： （每小题 3 分） 1）全局比对：匹配得分 =+1，失配得分 = -1 ，起始罚分 = -2 ，长度罚分 = -1 TCAGATATACTGAGCTGCT TCAGA-A- ACAGA T -TG - - 2）准全局比对：匹配得分 =+1，失配得分 =-1 ，起始罚分 =-2 ，长度罚分 =-1 AGTTTGAAACTGTATAT AG - - - ACAAATG-CT - - 2 画出相应于标准 Newick 格式 ((((A ，B),D),E) ((G ，H),C))F  的系统发生树。（6 分） 3 用 UPGMA重建系统发生树，距离矩阵如下： （10 分） 物种 A B C D B 4 - - - C 7 6 - - D 9 8 10 - E 12 11 18 9 4 四条同源序列进行比对，其中每条序列代表一个物种，每条序列有 7 个核苷 酸，如下图所示。 （1）请问哪些位点在简约分析中是信息位点？ （2）画出由每个信息位点得到的可能的无根树。 （ 3）反映这 4 个物种之间进化关系的最简约树是什么？ （7 分） 序列 位点 1 位点 2 位点 3 位点 4 位点 5 位点 6 位点 7 1 G G G G G G G 2 G G G A G T G 3 G G A T A G C 4 G A T C A T C 假如在二维 H-P 模型的相对方向表示法中， 利用 L 表示左， R表示右， F 表示向前，那么下图中的二维构象表示结果是什么？（ 6 分） 6 利用 Needleman 和 Wunsch 的动态规划算法 （全局比对算法），试比对 ACACTGT ACTGT序列， 其中空位罚分为 -1 ， 匹配奖励为 +1 ， 失配得分为 0, 首先用空位罚分的倍数对表格第一行与第一列进行初始化， （1）用动态规划算法完成该表格的填充；（2）找出一条由表格中最右下角到最左上角的合理的路径， 并给出这两个序列的最优全局比对的形式； （10 分） A C T G T 0 -1 -2 -3 -4 -5 -1 C -2 A -3 C -4 T -5 G -6 T -7