cDNA芯片与基因表达分析.ppt

LOGO ? DAVID 注释工具 LOGO ? 利用通路信息进行基因注释 ? KEGG ：代谢、信号、疾病 第三部分 cDNA 表达芯片数据分析 第二讲 cDNA 芯片与基因表达分析 LOGO 差异表达分析 一、倍数法 c I x x f ? 实验条件下的表达值 对照条件下的表达值 通常以 2 倍差异为阈值，判断基因是否差异表达 LOGO 二、 t 检验法 2 2 2 1 2 1 2 1 / / n s n s x x t ? ? ? 运用 t 检验法可以判断基因在两不同条 件下的表达差异是否具有显著性 LOGO 三、方差分析 ? 方差分析可用于基因在两种或多种条件间的表达量的比较 ? 它将基因在样本之间的总变异分解为组间变异和组内变异 两部分。 ? 通过方差分析的假设检验判断组间变异是否存在，如果存 在则表明基因在不同条件下的表达有差异。 2 ) ( ?? ? ? ? i j ij x x SS 总 2 ) ( ? ? ? ? ? x x n SS i i i 组间 2 ) ( ?? ? ? ? i j i ij x x SS 组内 组间 组间 组间 v MS SS ? 组内 组内 组内 v MS SS ? 组内 组间 MS MS F ? LOGO 四、 SAM （ Significance Analysis of Microarrays ) ( 一 ) 多重假设检验问题