朊病毒蛋白N端92--124序列形成β--hairpin的可能性.pdfVIP

摘要 摘 要 朊病毒疾病，又称传染性海绵状脑病(TSE)，是一系列神经退行性疾病的总称， C 这类疾病和朊病毒蛋白的错误折叠与聚集有关。朊病毒蛋白从正常型(PrP )到瘙 Sc 痒型(PrP )的构象转变机制并不明确，了解这一机制对阐明其病因是非常重要的。 由于PrPSc 难溶于水，无法通过实验确定其三维结构，科学家们只能通过分子模 C 拟手段如分子动力学模拟来预测正常朊病毒蛋白PrP 是如何发生构象变化的，这 也是本论文的目标所在。 PrPC N pH 在本论文中，我们主要关注在 中呈现无序状态的 端在低 条件下形 成β片层的可能性。因为如果N 端形成β片，将和朊病毒蛋白分子已有的β片层形 成更大的β片层结构域，这对解释朊病毒蛋白发生构象转变导致β片层百分比大幅 N 100 度增加提供一个新的思路。由于朊蛋白 端有近 个氨基酸残基，对这部分进 行系统的折叠研究对于计算化学领域是个巨大的挑战，目前的分子动力学模拟手 段很难给出可信的结果，因此我们需要采取逐段的，循序渐进的方法，利用副本 交换动力学模拟手段，通过考虑折叠过程中的极化效应对这部分序列进行折叠模 拟。 当使用考虑到氢键极化效应的PSBC 电荷时，发现朊病毒蛋白N 端可以形成 β C S2 S3 较稳定的 片层。并且和朊病毒蛋白 端的 和 可以很好地共存，其结构也 是相对稳定。 关 键 词：朊病毒蛋白；分子动力学模拟；PSBC 模型 论文类型：应用基础研究 选题来源：国家自然科学基金项目 I 目录 目 录 1 第 章 前言 1 1.1 朊病毒蛋白所产生的疾病1 C 1.2 正常型朊病毒蛋白(PrP )1 1.2.1PrPC C 2 的 端结构 C 1.2.2 PrP 的N 端结构3 Sc 1.3 致病性朊病毒蛋白PrP 4 1.4 C 5 朊病毒蛋白 端模拟 第2 章 对朊病毒蛋白N 端的研究9 2.1 前言9 2.2 分子动力学模拟9 2.3 模拟朊病毒蛋白N 端序列116-13110 2.3.1 分析方法11 2.3.2 结果及讨论11 2.4 模拟朊病毒蛋白N 端序列105-122 13 2.5 模拟朊病毒蛋白N 端序列95-11214 2.6 N 116-131 16 朊病毒蛋白 端序列 的氢键