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第二章 生物信息学数据库资源;提纲:;提纲:;human;模式生物基因组计划;viruses;模式生物(Model Organism);Escherichia coli大肠杆菌;Saccharomyces cerevisiae酿酒酵母;秀丽线虫Caenorhabditis elegans一种透明的、生活在海滩泥沙中的小虫。;Drosophila melanogaster果蝇;Arabidopsis thaliana拟南芥;Oryza sativa水稻;模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);;;提纲:;主要的数据库资源;3大核酸数据库;ATTGACTA;DNA序列数据库最早于1982年在欧洲分子生物学实验室诞生，随即就开始了一个数据库爆炸的时代。 此后不久因一项美国国家健康研究中心与洛斯阿拉莫斯国家实验室的合同而诞生了GenBank。 日本的DNA数据库（DDBJ），在几年后加入了数据收集的合作。;基因组数据库的发展历史;三大基因数据库;GenBank;/;美国的核酸数据库GenBank〖Banson,D.A. et al. (1998) Nucleic Acids Res. 26, 1-7〗从1979年开始建设，1982年正式运行。;; 欧洲分子生物学实验室的EMBL数据库也于1982年开始服务。;;日本于1984年开始建立国家级的核酸数据库DDBJ，并于1987年正式服务。;;GenBank/;;;;;提纲:; ;主要的数据库资源; 60年代“蛋白质信息资源”(Protein Information Resource，简称PIR)雏形产生 1984年，“蛋白质信息资源” 计划正式启动，蛋白质序列数据库PIR也因此而诞生。 1988年，美国的NBRF、日本的国际蛋白质信息数据库JIPID和德国的慕尼黑蛋白质序列信息中心MIPS合作成立了国际蛋白质信息中心(PIR-International)，共同收集和维护蛋白质序列数据库PIR。; PIR(protein information resource) 1. 由美国NCBI翻译自GenBank的DNA序列(1984年)； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点； 3. 数据依据注释的质量分为4类。 网址： / ;; 除了PIR外，另一个重要的蛋白质序列数据库则是SwissProt。 该数据库由瑞士日内瓦大学于1986年创建，目前由瑞士生物信息学研究所和欧洲生物信息学研究所 EBI共同维护和管理。 ; SWISS－PROT 1. 瑞士日内瓦大学医学生物化学系和欧洲生物信息学研究所(EBI)合作维护（1986年）； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点; 3. 数据库包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序列，这些序列经过检验和注释； SWISS-PROT的网址： /sprot ;; PIR和SwissProt是创建最早、使用最为广泛的两个蛋白质数据库。 蛋白质序列数据库TrEMBL是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的。该数据库采用SwissProt数据库格式，包含EMBL数据库中所有编码序列的翻译。 TrEMBL: /news/2004/03/02/full ;蛋白质结构数据库;主要的数据库资源; PDB（protein data bank） 1. 目前最主要的蛋白质分子结构数据库； 2. 1970年代建立，美国Brookhaven国家实验室维护管理; 3. 1988年，由美国RCSB(research collaboratory for structural biology)管理； 4. 以文本格式存放数据，包括原子坐标、物种来源、测定方法、提交者信息、一级结构、二级结构等； PDB的网址：/pdb(美国) ;;;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;如何 Access PDB记录?;Questions: 下列数据库分别是什么类型的数据库? GenBank, PIR, DDBJ, SWISS-PROT, PDB, EMBL, TrEMBL, ;第三章 生物信息学数据库资源 --数据库查询;GenBank/;;;PubMed的特点 收录的文献多!!大部分与生命科学相关 自动词语匹配 链接点多