hg19 (grch37) 与 hg38 (grch38) 数据差异比较.pptVIP

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2021-01-27 发布于河北
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hg19 (grch37) 与 hg38 (grch38) 数据差异比较.ppt

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hg19 (GRCh37) vs. hg38 (GRCh38)Human Genome Reference Comparison;Timeline;Content;UCSC tracks for GRCh38;New in GRCh38 release;GCA_000001405.15_GRCh38_top-level.fna.gz;GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fna.gz;GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz;Alt-loci add complexity to RNASeq quantification;Ideogram of GRCh38.p2;RNASeq quantification ;To understand the effect of alt-loci on RNASeq quantification;Mapping/alignment for RNASeq;Effect of alt loci in RNASeq alignments;Distribution of RPKM difference;Major Histocompatibility complex region on chromosome 6;HLA-A;HLA-A;HLA-C;HLA-DRA;Major Histocompatibility complex region on chromosome 6;MHC Class III;TNF;Highly variant immune regions retiled;LILRA3 moved to alt-loci in hg38;Phantom LILRA3;LILRA3 in hg19;Gene length calculation;Need more comprehensive approach to genome variation.;Conclusions;Questions?