抗癌药用植物鬼臼亚科的系统发育基因组学和生物地理学研究.pdfVIP

目录 摘要 I Abstract IV 目录VIII 图目录 XII 表目录XIV 前言 1 1.1 研究背景 1 1.1.1 系统发育基因组学 1 1.1.2 生物地理学5 1.1.3 东亚-北美东部间断分布植物区系8 1.1.4 鬼臼亚科研究背景 11 1.2 未解决的关键科学问题 16 1.3 研究内容 16 1.3.1 揭示鬼臼亚科叶绿体基因组进化 16 1.3.2 重建鬼臼亚科系统发育关系 17 1.3.3 探讨鬼臼毒素通路中关键基因的进化 17 1.3.4 阐明鬼臼亚科物种形成的地史成因 17 1.3.5 比较东亚-北美东部姐妹类群的物种分化 17 1.4 研究目的 18 1.5 技术路线 18 鬼臼亚科比较叶绿体基因组研究 19 2.1 材料与方法20 2.1.1 野外调查与采样20 2.1.2 叶绿体基因组测序与组装21 2.1.3 叶绿体基因组注释与结构比较21 2.1.4 简单重复序列（SSR ）和重复序列鉴定22 2.1.5 高变区（Hypervariable regions ）鉴定23 VIII 2.1.6 鬼臼亚科系统发育分析23 2.1.7 正选择分析24 2.2 研究结果25 2.2.1 鬼臼亚科叶绿体基因组组装、注释与比较25 2.2.2 鬼臼亚科与其他毛茛目物种的叶绿体基因组比较33 2.2.3 简单重复序列（SSR ）鉴定34 2.2.4 高变区（Hypervariable regions ）鉴定36 2.2.5 鬼臼亚科系统发育分析39 2.2.6 正选择分析39 2.3 讨论42 2.3.1 鬼臼亚科叶绿体基因组比较42 2.3.2 开发DNA 条形码用于后续研究43 2.3.3 自然选择下的matK 基因45 2.4 小结46 系统发育基因组学研究47 3.1 材料与方法48 3.1.1 野外调查与采样48 3.1.2 转录组测序与组装50 3.1.3 直系同源基因鉴定51 3.1.4 简单重复序列（SSR ）开发51 3.1.5 鬼臼亚科系统发育分析51 3.1.6 Ks 方法推断全基因组复制（WGD ）52 3.1.7 Gene-count 方法确定全基因组复制（WGD ）53 3.1.8 CYP 基因家族鉴定53 3.1.9 基因树的构建与基因重复位置的确定54 3.1.10 鬼臼毒素合成通路中基因的正选择分析54 3.2 研究结果56 3.2.1 转录组组装56 3.2.2 直系同源基因鉴定56 IX 3.2.3 简单重复序列（SSR ）开发59 3.2.4 鬼臼亚科系统发育分析59 3.2.5 全基因组复制61 3.2.6 CYP 基因家族进化69 3.2.7 CYP 基因家族在毛茛目中的同源基因鉴定71 3.2.8 CYP 基因重复事件71 3.2.9 鬼臼毒素合成通路中基因的自然选择72 3.3 讨论76 3.3.1