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- 2021-02-24 发布于天津
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遗传多样性桦褐孔菌菌株遗传多样性的 ISSR 分析 应用 ISSR (inter-simple sequence repeat) 分子标记技术对
21株不同的桦褐孔菌(Inonotus obliquus) 菌株进行DNA指纹图谱分
析,结果表明:从60条引物中筛选出11条ISSR引物对桦褐孔菌基 因组DNA进行了 ISSR-PCRT增,共扩增出DNA谱带183条,其中多 态性谱带 169 条,多态位点百分率为 92.3 %,遗传相似系数变化范 围为0.605?0.880。在遗传相似系数为0.763时,可将21个桦褐孔 菌菌株划为 6 大类群,菌株聚类结果与菌株的地理分布有关。
桦褐孔菌; ISSR; 遗传多样性
桦褐孔菌 (Inonotus obliquus) 属多孔菌科( Polyporaceae )、 纤孔菌属(Inonotus ),是十分珍稀而又名贵的药用真菌]1],以其 菌核入药[2]。桦褐孔菌主要分布在东欧的 __ 、波兰等国家 , 我国 主要分布于大、小兴安岭和长白山地区, 其野生资源已濒临灭绝 [3], 人工栽培刚刚起步, 很少能获得子实体, 而桦褐孔菌育种研究目前尚 属空白,从DNA分子水平上弄清不同地理菌株间的遗传关系对该菌的 育种具有重要意义。
ISSR (inter-simple sequenee repeat) 是 ZIETKIEWIEZ等在
1994年提出的一种锚定SSR的方法]4],可直接对基因组DNA进行 分析,不受任何环境条件影响,操作简单,多态性高,重复性好,被
看作是克服了 RFLF和RAPC许多局限性的新标记]5],该技术在灵 芝( Ganodermalucidum )[ 6]、茯苓( Poria cocos)[ 7]、毛木 耳(Auricularia polytricha ) [8]禾口蜜环菌 (Armillaria mellea ) [9]等药用真菌遗传多样性分析中已有应用,而利用分子标记对桦 褐孔菌遗传差异的研究报道较少。笔者利用 ISSR标记技术,分析了
21株不同的桦褐孔菌菌株的遗传差异, 旨在为桦褐孔菌的品种选育、 资源保护和开发利用等工作提供参考。
1 材料与方法
供试菌株
各菌株编号及见表 1,其中芬兰菌株由北京林业大学戴玉成教 授赠送, 日本菌株由日本鸟取大学北本丰教授赠送, 其它菌株由长白 山生物资源与功能分子 __ 重点实验室保藏。
菌丝体培养
取活化的菌丝体,接种于斜面培养基中(20 g葡萄糖,2 g蛋 白胨, 2 g 酵母膏, 0.5 g 硫酸镁, 0.5 g 磷酸二氢钾, 15 g 琼脂, 加水至1000 mL, pH自然),25 C暗培养20 d,待菌丝满管后,收 集菌丝,无菌水洗涤2次,用无菌滤纸汲干菌丝体表面的水分,-20 C 保存备用。
1.3 总DNA提取及检测
采用改良的CTAB法: 10]提取基因组总DNA 0.7 %琼脂糖凝 胶电泳检测质量。
1.4PCR 反应及电泳
引物参照—哥伦比亚大学(UBC)公布的ISSR引物序列,由北京 英骏生物工程有限公司合成。
PCR反应在MG96C型PCF仪上进行。PCF反应体系:模板DNA10 ng/ 卩 L, dNTPslOO 卩 mol/L,引物 25 卩 mol/L , Taq DNA聚合酶 0.5 U, Mg2+ 1.4 mmol/L , 10 x buffer 2.5 卩 L,用 ddH 20补至总 体积25卩L。扩增程序为:94 C预变性5 min , 30个循环:94 C 变性1 min、45~51 C退火1 min(退火温度因不同引物而定)、72 C 延伸1 min,最后72 C延伸5 min , 4 C保存。PCF产物在1.5%琼 脂糖凝胶上电泳,用GelDoc-It型凝胶成像系统照相。
1.5 数据分析
将ISSR图谱以TIFF文件格式保存,有ISSR谱带的计为1,无 带计为0,构成ISSR表型矩阵,输入NTSYSpc2.0软件进行分析,计 算遗传相似系数,以平均连锁法(UPGMA进行聚类分析,获得树状 聚类图。
2 结果与分析
桦褐孔菌遗传多态性分析
实验以21个菌株对60条ISSR引物进行了筛选,其中有11条 引物能扩增出清晰且具多态性的带谱, 引物序列见表 2。11 条 ISSR 引物对 21 个桦褐孔菌菌株共扩增出 183条带(表 2),其中多态性 条带169条,多态位点百分率为92.3 %,每条引物扩增出12?20条 谱带,DNA片段大小为100?2200 bp。图2为UBC842引物扩增21株 桦褐孔菌菌株DNA的ISSR指纹图谱。
Fig.1 ISSR fingerprinting profiles of I. obliquus strains amplified with p
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