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. BLAST 核酸 / 氨基酸序列相似性比较 Blast (Basic Local Alignment Search Tool) 是一套在蛋白质数据库或 DNA 数据库中进 行相似性比较 的分析工具。 BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性 序列 比较。 BLA ST 结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 如果您想进一步了 解 BLAST算法，您可以参考 NCBI 的 BLAST Course ，该页有 BLAST 算法的介绍。 BLAST 的功能 BLAST对一条或多条序列 (可以是任何形式的序列 )在一个或多个核酸或蛋白序列库 中进行比对。 BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。 BLAST是基于 Altschul 等人在 J.Mol.Biol 上发表的方法 (J.Mol.Biol.215:403-410(1990)), 在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。从最初的 BLAST发展到现在 NCBI 提 供的 BLAST2.0,已将有缺口的比对 序列也考虑在内了。 BLAST可处理任何数量的序列 , 包括蛋白序列和核算序列 ;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的 ,即要么都是 蛋白数据库要么都是核酸数据库。 所查询的序列和调用的数据库则可 以是任何形式的组合 ,既可以是核酸序列到蛋 白库中作查询 ,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询 ,反之亦然。 BLAST 包含的程序： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。 库中存在的每条已知序列将逐一地 同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一 条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN 是核酸序列到核酸库中的一种查询。 库中存在的每条已知序列都将同所 查序列作一对一地核酸序列比对。 4 、TBLASTN 是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与 BLASTX相反，它是将库中的 核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所 查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生 6 条可能的蛋白序列），这样每次比 对会产生 36 种比对阵列。 通常根据查询序列的类型（蛋白或核酸）来决定选用何种 BLAST。假如是作核酸－ 核酸查询，有两种 BLAST 供选择，通常默认为 BLASTN。如要用 TBLASTX也可，但记住 此时不考虑缺口。 BLAST适用于本地查询。可以下载公共数据库，对于该数据库的更新和维护是必不 可少的。如果要直接到网上查询也可以（即Ｎ et Ｂlast），但记住如果你认为自己的序 列很有价值的话，还是谨慎为宜。 如何访问在线的 BLAST 功能服务 ? 您只要通过浏览器访问 Blast 主页 (blast.ncbi.nlm.nih.gov/ ) 。所有的查询和分析都通 过浏览器来完成，就象您在您的本地机上一样方便和快捷。 Word 文档 . BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast 中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋