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- 2021-04-16 发布于天津
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primer5和Oligo结合设计引物步骤及心得
来源:北京力途科技有限公司 2010-5-21 访问量:5404
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一、引物设计 step by step
1、 在NCBI上搜索到目的基因,找到该基因的 mRNA,在CDS选项中,找到编码区 所在位置,在下面的 origin中,Copy该编码序列作为软件查询序列的候选对象。
2、 用 Primer Premier5 搜索引物
打开Primer Premier5,点击sequenee,出现输入序列窗口, Copy目的序列在输入
框内(选择As ),此窗口内,序列也可以直接翻译成蛋白。点击 Primer,进入引物窗口。
此窗口可以链接到 引物搜索”、引物编辑”以及 搜索结果”选项,点击Search按钮,
进入引物搜索框,选择 “ PCR primers ”, “ Pairs,”设定搜索区域和引物长度和产物长度。在
Search Parameters 里面,可以设定相应参数。一般若无特殊需要,参数选择默认即可,但
产物长度可以适当变化,因为 100?200bp的产物电泳跑得较散,所以可以选择 300?
500bp.
点击OK,软件即开始自动搜索引物,搜索完成后,会自动跳出结果窗口,搜索结果
默认按照评分(Rating )排序,点击其中任一个搜索结果,可以在 引物窗口 ”中,显示出该
引物的综合情况,包括上游引物和下游
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