基因组学_课件_6.基因组解剖.ppt

6 基因组解剖 基因组活性 结构基因的组成 基因表达调控序列，DNA结合蛋白与特定核苷酸序列的结合 活体中DNA总是与蛋白质结合在一起，形成染色体高级结构。 染色体始终处在动态的构型变化之中。 染色体的微观结构在基因的表达调控中扮演了重要角色 真核生物基因组解剖 原核生物基因组解剖 转座因子与分散重复序列 串接重复序列及其分布 人类基因组草图序列中的编码基因 拟南芥基因组编码基因 一.真核生物基因组解剖 真核生物核基因组 核型（karyotype）：即细胞分裂中期染色体按照大小与着丝粒的位置依次排列，组成的每种生物特有的染色体组图像 带型（banding pattern）：某些染料与中期染色体特异性结合使染色体不同部位产生着色差异。 Q带：喹丫因染色 G带：温和蛋白酶处理后吉姆萨染色。右G带图显示，深着色区与浅着色区相间分布，表明染色质的组成是非均一性 R带：加热的碱性溶液处理 异染色质：碱性染料染色时着色较深的染色质组分 组成型异染色质：所有细胞中均有的一种持久性结构，不含任何基因，总是保持致密的组成状态。除复制期以外，在整个细胞周期均处于聚缩状态，形成多个染色中心 ，如着丝粒和端粒、Y染色体大部分区域 兼性异染色质：非持久性的异染色质，在某些细胞类型或一定的发育阶段, 原来的常染色质聚缩, 并丧失基因转录活性, 变为异染色质，异染色质化可能是关闭基因活性的一种途径 异染色质结构紧密，使控制基因表达的蛋白无法接近 常染色质：指间期核内染色质纤维折叠压缩程度低, 处于伸展状态, 用碱性染料染色时着色浅的那些染色质。常染色质状态只是基因转录的必要条件而非充分条件 异常染色体 小染色体：染色体体积较小，但富含基因，如鸡的基因组有39条染色体，其中33条为小染色体，DNA量1/3，基因数75% B染色体：是正常染色体的断片，产生于非正常的细胞核分裂事件，常见于植物中，会降低其存活力；在细胞分裂过程中会逐渐丢失 CpG岛：基因组中富含GC（60%-70%）的DNA片段，一般长度1-2kb 多数位于管家基因和大部分组织专一性表达基因的5’侧翼区及基因的第一个外显子区 与基因相连，可作为寻找基因的依据 在染色体上分布很不均匀，但与基因分布频率一致 染色体各区段之间重组频率 重组率随染色体长度的增加而递减 大多数染色体近着丝粒区重组率受到抑制，远着丝粒区重组率趋向增加 真核生物细胞器基因组 多为环状DNA 多拷贝，但遗传行为为单一基因型。如人体细胞线粒体数目平均为800个，每个线粒体有10个基因组拷贝；植物细胞叶绿体基因组为5000个/细胞。 大小与生物复杂性无关。但均比核基因组小很多。 脊椎动物线粒体基因组的某些特征：基因之间很少有间隔顺序；核糖体RNA基因极短；某些基因缺少终止密码子，需要在RNA编辑时产生 叶绿体基因组：在物种间变化不大；高等植物中有2段反向重复区段，可阻止基因组内部重组，使其更稳定 遗传内容：线粒体基因组均含rRNA和某些呼吸链成分的基因，或含tRNA基因及核糖体蛋白基因等；特别是胞质蛋白进入线粒体的蛋白基因；叶绿体基因组均含rRNA和tRNA基因、与光合作用有关的蛋白质及核糖体蛋白基因等 起源：内共生理论，即线粒体和叶绿体是游离细菌与远古真核细胞结合形成的。依据：细胞器基因与细菌基因顺序相似性高于同源的核基因，且基因表达过程与细菌很相似。疑问：哺乳动物染色体中含有线粒体DNA，但细胞器基因组很少含有核基因成分 二.原核生物基因组解剖 细菌染色体：一般为许多30-100kb的独立超螺旋环组成 质粒：小分子环状DNA，或可整合到染色体上，往往携带的基因对细菌的生存不是必需的，很多可在不同细胞中转移 DNA包装方式：大肠杆菌有与DNA结合的HU蛋白，古细菌有类似组蛋白的组分 基因组紧凑，基因间很少间隔，大肠杆菌基因组中非编码顺序仅占11%，有利于基因组的快速复制与繁殖 操纵子：含一组彼此邻接的结构基因，基因间隔仅1-2bp，是细菌基因存在的常见形式 满足单细胞存活所必需的最少基因数是多少？300？ 最小基因组生物，生殖道支原体及其亲缘种分别含有470和679个基因 生殖道支原体的470个基因中仅120个是该物种独有的 三.转座因子与分散重复序列 转座因子：可移动的遗传因子，在转座过程中，一个拷贝常留在原来位置上，在新位点上出现的仅是拷贝。依赖于DNA的复制 DNA的直接转座 插入序列IS（原核），P因子（果蝇），Ac-Ds（玉米） 以RNA为中介进行转座（逆转座因子） 逆转录转座子，逆转录病毒 细菌的DNA转座因子 插入序列 复合转座子 Tn3转座子 可转座的噬菌体 IR:反向重复序列 逆转座因子 LTR因子：含有长末端重复序列 逆转录病毒的生活史：R