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预备教学内容 1. 学习Pubmed和NCBI其他数据库、工具的使用； 2. 学习BLAST本地化及命令行使用；通过双向blast鉴定直系同源基因对； 3. 学习MAGE软件的使用；构建进化树； 4. 学习HMMER软件的使用；注释基因家族； 5. 学习Glimmer、GenScan、Augustus软件的使用；预测基因结构；Ensembl网站的使用； 6. 学习EMBOSS软件包的使用；各种分析； 7. 学习本地化TargetP、SignalP、WoLFPSORT软件的使用；预测亚细胞定位和信号肽； 8. 学习MeV软件的使用；芯片表达谱分析方法；GO富集分析。 第一次课教学要点 生物信息学的发展历史及主要研究方向 FASTA、GenBank flatfile、EMBL等序列格式 EST、STS、GSS、HTGS、TPA、TSA等分类（GenBank divisions），相应功能有何不同？ Unigene、Gene和HomoloGene数据库有何不同？ 如何获取某个物种所有核苷酸序列？EST序列？基因列表？基因组是否测序完成？ RefSeq与GenBank/INSDC序列有何不同？ 如何使用检索式检索文献？如何自动获取文献更新？ 蛋白质数据库哪家强？SWISS-PROT和TrEMBL有何不同？ 各种生物数据库的信息从哪里获知？（NAR数据库专刊） 遇到问题应该如何寻找答案？（各个数据库的帮助文档+搜索） 掌握《生物信息学软件综合实践》课程相应章节的课后练习 拓展内容： BioPerl？BioPython？ 第二次课教学要点 两序列对位排列基本原理；全局比对和局部比对；动态规划；点阵分析 计分矩阵；PAM和BLOSUM矩阵的构建及其异同；空位罚分 同一性（Identity）、相似性（Similarity/Positive）、比对分数（Alignment score ）、期望值（E-value） BLAST系列软件的原理、网页使用和本地化 BLASTN、BLASTP、BLASTX、TBLASTN和TBLASTX的用途和优缺点 MegaBLAST、Discontiguous megablast、PSI-BLAST和PHI-BLAST 其他软件：SSEARCH、FASTA、BLAT 掌握《生物信息学软件综合实践》课程相应章节的课后练习 拓展内容： /2014/01/alignment-methods/ 鉴定直系同源基因对 第三次课教学要点 了解多序列对位排列的原理和用途 了解常用的多序列比对软件，并会使用2个以上此类软件 了解系统发生分析（Phylogenetic analysis）中的各种名词，掌握系统发生树的构建流程，并会正确解读结果 树根（Root）、分支（Branch）、枝长（Branch length）、节点（Node）、内部节点（hypothetical taxonomic unit, HTU）、末端节点（observed taxonomic units, OUT）、Newick格式 树的类型？分支树（Cladogram）、进化树（Phylogram）、时间度量树（Ultrametric tree） 如何获得树根？有根树（rooted tree）、无根树（Unrooted tree）、外群（Outgroup） 构建系统发生树的方法？最大简约法、距离法、最大似然法、贝叶斯法？替代模型？ 如何评估系统发生树是否可靠？自展法（Bootstrap） 会使用MEGA软件、掌握HMMER软件的用途和使用方法 掌握《生物信息学软件综合实践》课程相应章节的课后练习 拓展内容： 如何分析某些分支是否受到正选择（Positive selection）？ 第四次课教学要点 了解基因预测的基本原理及基因组注释流程 了解常用的基因预测软件，并会使用3个以上此类软件 掌握《生物信息学软件综合实践》课程相应章节的课后练习 选小组展示第二次课的直系同源基因鉴定解决方案 拓展内容： Prodigal和Augustus的使用 EVM(http://evidencemodeler.github.io/) MAKER(/wiki/MAKER_Tutorial) 第五次课教学要点 了解蛋白质性质和结构的基本分析方法 掌握《生物信息学软件综合实践》课程相应章节的课后练习 复习巩固之前章节的内容 拓展内容： TargetP、SignalP、WoLFPSORT软件的本地配置和使用 第六次课教学要点 核酸的其他分析 掌握《生物信息学软件综合实践》课程相应章节的课后练习 随堂测试之前章节的内容 拓展内容： 学习EMBOSS软件包的使用 第七次课教学要点 了解芯片表达谱 学习MeV软件的使用；芯片表达谱分析方法；GO富集分析 掌握《生物信息学软件综合实践》课