微生物分析用图看图说明.pdfVIP

1. 稀释性曲线（ Rarefaction Curve ） 采用对测序序列进行随机抽样的方法，以抽到的序列数与它们所能代表 OTU 的数目构建曲 线，即稀释性曲线。 当曲线趋于平坦时，说明测序数据量合理，更多的数据量对发现新 OTU 的边际贡献很小； 反之则表明继续测序还可能产生较多新的 OTU 。 横轴： 从某个样品中随机抽取的测序条数； Label 0.03 表示该分析是基于 OTU 序列差异水 平在 0.03 ，即相似度为 97% 的水平上进行运算的，客户可以选取其他不同的相似度水平。 纵轴： 基于该测序条数能构建的 OTU 数量。 曲线解读： ? 图 1中每条曲线代表一个样品，用不同颜色标记； ? 随测序深度增加，被发现 OTU 的数量增加。当曲线趋于平缓时表示此时的测序数据量较 为合理。 2. Shannon-Wiener 曲线 反映样品中微生物多样性的指数， 利用各样品的测序量在不同测序深度时的微生物多样性指 数构建曲线，以此反映各样本在不同测序数量时的微生物多样性。 当曲线趋向平坦时，说明测序数据量足够大，可以反映样品中绝大多数的微生物物种信息。 横轴： 从某个样品中随机抽取的测序条数。 纵轴： Shannon-Wiener 指数，用来估算群落多样性的高低。 Shannon 指数计算公式： 其中， Sobs= 实际测量出的 OTU 数目； n = 含有 i条序列的 OTU 数目； i N = 所有的序列数。 曲线解读： ? 图2每条曲线代表一个样品，用不同颜色标记，末端数字为实际测序条数； ? 起初曲线直线上升，是由于测序条数远不足覆盖样品导致； ? 数值升高直至平滑说明测序条数足以覆盖样品中的大部分微生物。 3.Rank-Abundance 曲线 用于同时解释样品多样性的两个方面，即样品所含物种的丰富程度和均匀程度。 物种的丰富程度由曲线在横轴上的长度来反映，曲线越宽，表示物种的组成越丰富； 物种组成的均匀程度由曲线的形状来反映，曲线越平坦，表示物种组成的均匀程度越高。 横轴： OTU 相对丰度含量等级降序排列。 纵轴： 相对丰度比例。 曲线解读： ? 图3与图 4 中每条曲线对应一个样本（参考右上角图标）； ? 图3与图 4 中横坐标表示的是 OTU （物种）丰度排列顺序，纵坐标对应的是 OTU （物种） 所占相对丰度比例（图 3为相对百分比例，图 4为换算后 Log 值），曲线趋于水平则表示样品 中各物种所占比例相似；曲线整体斜率越大则表示样品中各物种所占比例差异较大。 4. 样本群落组成分析：多样本柱状图 / 单样本饼状图 根据分类学分析结果， 可以得知一个或多个样品在各分类水平上的物种组成比例情况， 反映 样品在不同分类学水平上的群落结构。 柱状图（图 5 ） 横轴： 各样品的编号。 纵轴： 相对丰度比例。 图标解读： ? 颜色对应此分类学水平下各物种名称，不同色块宽度表示不同物种相对丰度比例； ? 可以在不同分类学水平下作图分析。 饼状图（图 6 ） 在某一分类学水平上，不同菌群所占的相对丰度比例。不同颜色代表不同的物种。 5. 样品 OTU 分布 Venn 图 用于统计多个样品中共有或独有的 OTU 数目，可以比较直观地表现各环境样品之间的 OTU 组成相似程度。 不同样品用不同颜色标记，各个数字代表了某个样品独有或几种样品共有的 OTU 数量，对 应的 OTU 编号会以 EXCEL 表的形式在结题报告中呈现。 分析要求 单张分析图，样本分组至少两个，最多 5 个。 ? 默认设置为 97% 相似度水平下以 OTU 为单位进行分析作图。 6. Heatmap 图 用颜色变化来反映二维矩阵或表格中的数据信息， 它可以直观地将数据值的大小以