生物信息学课程设计实验报告—典型生物信息学分析.docxVIP

优秀文档 优秀文档 PAGE PAGE20 优秀文档 PAGE 生物信息学课程设计实验报告 —模范的生物信息学解析 搜查感兴趣的基因 找出自己想要的基因片段 找出FASTA格式的基因序列，复制下来，保存在文本文档中 水稻瘤矮病 发生与损害水稻瘤矮病于1976年在广东湛江地区发现，局部县市损害重要，近年在两广陆续有此病损害的报告，且有逐年加重的趋势，我国广东茂名地区曾大面积发生危 害，近年在福建福州以南的一些县琐屑发生。 症状鉴别 水稻瘤矮病是由电光叶蝉、黑尾叶蝉和二点黑尾叶蝉传播的一种病毒病。 病苗显著矮缩，叶色深绿，叶背和叶鞘长有淡黄绿色近球形小瘤状突起，有时沿叶脉连 成长条，叶尖卷转，各别新叶的一边叶缘灰白坏死，产生2-3个缺刻。病株根纤弱，抽穗迟、细小、空粒多。 水稻瘤矮病感病植株 病原及发病条件为水稻瘤矮病毒[RicegalldwarfVirus(RGDV)]。病毒粒体球状，直径65nm，由单一粒体组分和十二个片段的双链RNA组成。此病可由电光叶蝉、二条黑尾叶蝉；二点黑尾叶蝉、黑尾叶蝉和马来亚黑尾叶蝉以长远性模式传播，也能通过二 条黑尾叶蝉的卵传给下一代。国内以电光叶蝉和二点黑尾叶蝉为有效介体。二点黑尾叶 蝉亦可经卵传播。 防治模式： 1)治虫防病，力争将传毒媒介昆虫电光叶蝉、二条黑尾叶蝉；二点黑尾叶蝉、黑尾 叶蝉和马来亚黑尾叶蝉覆灭在传毒前。杀虫药剂可用25%喹硫磷或40%乐果1000-1500倍稀释液，或菊酯类农药5000倍稀释液喷雾。 2)及早毁除病株，或踩入土壤，或聚拢烧毁，以防御舒展。 3)如插后不久发病，还可立即补苗。 4)稻株大胎期用“九二0”纯品50000倍稀释液喷雾，使病株提前抽穗，可减少为害。 5)每亩用10%叶蝉散可湿性粉剂200克；或每亩用25%速灭威可湿性粉剂150克；每亩用50%杀螟松乳油+40%稻温净乳油各50毫升均加水50千克喷雾 搜查对应的蛋白质序列 Proparam软件解析蛋白质理化性质 从解析结果可知：RGDVp8各个氨基酸所占的比重，如上图。份子品质为47422da，氨基酸数目为426，正负电荷残基总数30/30，份子式为 C2126H3316O623S15，在M-1cm-1单位在280海里的水里测 量的消光系数为 48610和48360，脂肪指数为 92.68，组氨酸His(H)最少为 0.5%，丝氨 酸含量最多Ser(S)9.9%。 疏水性解析： 氨基酸的疏水性=各样氨基酸的疏水性—甘氨酸的疏水性 疏水性氨基酸在蛋白质的内部，由于其疏水性的像相互作用，在维持蛋白质三级结构的产生和牢固中起着重要的作用。 疏水性解析结 果 由图可知在P8蛋白C端位置有一个模范的疏水地区。 Bioedit 解析结果 跨膜地区解析 膜蛋白是一类结构独到的蛋白质，推行着重要的细胞生物学功能。蛋白质序列含有跨膜区，提醒他兴许看作膜受体起作用，也兴许定位在膜上的锚定蛋白或离子通道蛋白。对膜蛋白的跨膜螺旋进行展望是生物信息学的重要应用。 对RGDVP8蛋白使用TMHMM的跨膜地区解析结果1 信号肽展望 从解析结果可以看出，剪切位点分值24，信号肽分值为3，综合剪切位点的分值4 Coil区解析 卷曲螺旋主假如控制蛋白质寡聚化的元件，含有卷曲结构的蛋白质主假如一些转录因子 通过解析发现，在P8蛋白在三种不同的窗口下尽然没有格外高的置信值，说明没有卷曲重复序列和七肽重复区。 亚细胞定位 1、通过解析可知最终展望的叶绿体转运肽，线粒体导肽，信号肽的其他种类的分值分辩为 0.178、0.066，0.148,0.660。信号的定位兴许是他们中的最高值。 2、“Loc”表示上面分值所展望的兴许定位，C表示定位于叶绿体，兴许是cTP;M表示定位于线粒体，兴许是mTP；S表示分泌通路，即分泌到细胞周质，兴许是SP；_表示除前面三处外的其他位置。 3、“RC”是可靠性级别，分为五级。表示输出结果最高值与次高值之间的区别大小,详尽五级 如 下 ： 1. Diff0.800;2. 0.800diff0.600;3.0.600diff0.400;4.0.400dif f0.200;0.200diff. 4.TPlen的展望剪切位点的序列长度。 有结果可知目标蛋白P8的分泌途径为_型，定位在其他细胞器，展望剪切位点序列为0个氨基酸。 结构域的解析及 motif的搜查 常有的结构域的5各类类：全平行结构域、反平型结构域、α＋β结构域、α／β结构域及其他结构域种类。 结构域是蛋白质的功能结构和进化单位，结构功能域解析对于蛋白质的结构的分类和展望由重要的作用。 结果解读： 综合上诉结果可知，RGDVp8蛋白的第1~426位之间是个高度保守的结构功能域——Phytoerto_P8，即Phytoerto_P8家族成员共有的 模范结构域，该结构功