lammps各种命令讲解.pdf

文档来源为 :从网络收集整理 .word 版本可编辑 .欢迎下载支持 . 作者 : 御剑江湖 收录日期 : 2011-03-31 发布日期 : 2011-03-24 Commands 描述了 lammps 输入文件的格式和在定义 lammps 模拟所需要的命令 . 1.1 LAMMPS input script 我们用 lammps 做分子动力学模拟 , 需要一个输入文件 . lammps 在执行计算的时 候, 从这个文本文件中逐行读入命令 . 大多数情况 , lammps 输入文件中各个命令的顺序并 不是很重要 . 但是你要注意以下几点 : (1) lammps 并不是将你的输入文件全部读入之后才开始进行计算的 , 或者说 , 每条命令在它被读入之后就会起作用了 . 注意 , 下面两组命令的执行效果是不相同的 . timestep 0.5 run 100 run 100 和 run 100 1 文档来源为 :从网络收集整理 .word 版本可编辑 .欢迎下载支持 . timestep 0.5 run 100 (2) 有些命令只有在另一些命令已经被定义的情况下才有效 . 例如如果你要设定 一组原子的温度 , 那么用 group 命令定义哪些原子属于这个组才行 . (3) 还有一种情况就是 : 命令 B 要用到命 A 设置的一些数值 , 这样你也不能颠倒 这两个命令的顺序 . 每个命令的详细介绍中的 Restrictions 部分会说明要使用该命令定义的时候哪些 命令必须要被预先定义 . 如果你的输入文件书写的格式有问题 , lammps 在执行的时候会提示 ERROR 或者 WARNING , 出现类似信息时 , 你可以到手册的第九章中查询原因 . 1.2 Parsing rules 输入文件中的每一非空行都被认为是一条命令 . lammps 中命令的书写是对大小写 敏感的 , 不过一般的命令和参数都是小写的 , 大写字母用于极少数的情况 . (1) 命令行后的 表示这一行跟下一行是同一条命令 . 这一点跟 FORTRAN 很 像 . 2 文档来源为 :从网络收集整理 .word 版本可编辑 .欢迎下载支持 . (2) 命令行最开始的 # 表示这一行在执行过程中被忽略 , 你可以用它来写注释 . (3) $ 是跟声明变量有关系的 , 我暂时还没用到过 , 具体请参阅 variable 命令的 详细介绍 . (4) 命令行被 tabs, spaces 间隔成各个 “words ”, 注意这里的 “words ”可以包含字 母、数字、下划线、或标点符号 . (5) 一行中第一个词是命令名 , 后