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实用标准文案
（四）多序列分析及系统进化树构建
实验目的：掌握多序列比对、构建系统进化树的基本步骤， 熟悉使用 CLUSTALW 、
MEGA5.1 等软件的使用。
实验内容：
1、利用 CLUSTALW 工具进行多序列比对，学会参数设置，结果输出。将
本实验室 获得的仿刺参 EGFR基因氨基酸序列，搜索同源序列，保存序列进行
比对。
2 、利用 MEGA5.1 构建系统进化树，并用自展分析对进化树进行评估。
实验步骤：
1、将仿刺参 EGFR 基因氨基酸序列使用在线 NCBI 工具，进行 Blast 同源
性比较见表 1 。
NCBI 上做 Blast
/blast/Blast.cgi
找到相似度最高的几个序列， 通常把序列 （Fasta 格式文件） 下载下来，或点击 GenBank
登录号，复制 FSATA 格式，整合在一个 *.txt 文档中（单独建立一个文件夹存放，后面的很
多文件会自动装入该文件夹） ，如
XXXX
AGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCGGACGGGTGAG
TAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGAATGCTAATACCGCATACGCC
表 1氨基酸序列的同源性比对
物种 GenBank 登录号 相似性
（Species ） (GenBank Accession No.) (Similarity)
Anopheles gambiae CAC35008.1 47%
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Nasonia vitripennis XP_001602830 49%
Xiphophorus AAP55673 46%
xiphidium
Camponotus EFN60989 49%
floridanus
Danio rerio NP_919405 47%
Drosophila AAR85245 49%
melanogaster
Gryllus bimac μ latus BAG65666 48%
Xenopus (Silurana) XP_002939960 47%
tropicalis
Lymnaea stagnalis ABQ10634 46%
Gallus gallus NP_990828 47%
Rattus norvegicu s EDL97896.1 47%
2 、 仿刺参 EGFR 氨基酸序列通过 GENBANK 数据库比较，经 CLUSTAL
（注：图为部分比对序列图）
W 多重序列比对分析（图 1 ）
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