蛋白质分子结构原理.ppt

生物大分子是一切生命形式的基础，重要的生物大分子有4类： 蛋白质、核酸、多糖和脂类。 蛋白质由氨基酸聚合而成 核酸由核苷酸聚合而成 多糖由单糖聚合而成 脂类，所有能被脂溶性溶剂提取的动植物组织部分均定义为脂类。 ; 构型——是指分子在立体异构体种的取代原子或集团以共价键相连时，他们在空间的取向。 构像——是指组成分子的原子或基团围绕共价键旋转而形成不同的空间排布。;球状蛋白质结构的不同水平;第二节 蛋白质分子的结???原理; 讨论蛋白质分子的构象的普遍性规律 形成天然构象的物理与化学原因;一.蛋白质空间构象与肽平面关系;带电荷氨基酸 Arg, Lys, Asp, Glu; 蛋白质20种氨基酸组成中19种氨基酸均具手性，属L-型,在形成各种高级结构时具重要的决定性意义。 手性是生物界长期选择和进化的结果，还不知原因。 L型的定义：从 H 到 C? 看，顺时针依次为 C0，R，N;氨基酸的 构象 黑色代表 C?;;　;;肽平面上C—N键 键轴的旋转角ω  键轴旋转涉及 2个Cα原子的相对位置   刚性平面，ω仅有2种可能 ω=0? 顺式结构 ω=180? 反式结构 反式结构常见，顺式存在空间位阻，;;φ=180、ψ=180，充分伸展的全反构型 φ=0、ψ=0，发生严重的空间位阻，不能使原子间距离接近甚至小于范德华半径;由二面角决定多肽链的构像;;φ、ψ分布范围 用Ramachandran图表示;;在这种图形中 甘氨酸分布范围区域相对大 其它残基角度的分布局限于某些区域;两个肽平面之间的相对取向由C α-N 和C α-C两个可以自由旋转的单健扭角而定，所以，蛋白质一级结构中肽平面之间扭角的变化，是形成二级结构的基础;从生物物理学角度研究蛋白质一级结构的意义;血型糖蛋白在生物膜上的结构;;非键作用能 EKL（φ、ψ）;;单键旋转的本征扭转能Etor（φ、ψ）;总的势能;甘氨酸残基的φ、ψ位于20KJ/mol的两个对称性的区域;非甘氨酸残基分布范围小，不同构象中φ与ψ分立; 脯氨酸具吡咯烷环， φ为-60? ψ取-55?或145?  常孤立出现，对紧邻在前的残基构象影响很大  使其丢失α-螺旋结构脯氨酸残基常出现于 多肽链弯曲或翻转处， α-螺旋的N端;ψ -55? 145?; 蛋白质多肽链的一级氨基酸序列其高级的三维构象，提供了可以实现的途径。 尽管从理论和计算角度还存在很大的困难与复杂性，基于局部、小范围内的位阻效应和发生的可能的相互作用，再结合半经验方法的研究，如依据蛋白质结晶的构象资料，从统计规律中寻找某些残基的构象化倾向，比如Ala、Leu残基是强α-螺旋形成体，Pro残基有α-螺旋破坏体性质等，这样，对每一个残基，用一定的几个统计参数，就可能估量出高级结构行为;20种标准氨基酸铵形成α螺旋，β折叠的能力所进行的分类;蛋白质分子结构原理;蛋白质分子结构原理;二.蛋白质分子的二级结构(secondary structure); 蛋白质二级结构单元，是多肽链中具特定规律的一段肽链的空间排列模式;;蛋白质分子结构原理;;α-螺旋 右手α-螺旋构象，13 是许多蛋白质分子中常见结构 一圈3.5-3.7或平均3.6残基 螺距0.54nm 氢键方式(i,i+3) 一氢键环内含13个原子  φ、ψ在-60?和-41?附近 末端向下看，侧链在主链周围形成风车状 所有氢键近似平行于螺旋中心旋转轴氢键同一方向 形成一源于氢键的平行于螺旋轴的偶极矩; α-螺旋氢键偶极矩、 各肽平面C=O和N-H偶极矩 都沿螺旋轴积累，从而显示出从N端到C端的偶极矩 等效于N端积累部分正电荷，C端积累部分负电荷;蛋白质分子构象其它螺旋结构;多肽链不同氨基酸侧链具各自确定的选择性不强的螺旋倾向性;差不多所有球蛋白中，一段α-螺旋结构 平均含11个残基（4-20残基） 平均长度 1.7 nm 螺旋两端外连接的氨基酸残基 C端常出现带负电荷的基团 N端为带正电荷基团 螺旋内部多肽链上亲水与疏水残基周期性变换过