生物信息学在肿瘤研究中的应用.pptxVIP

生物信息学在肿瘤研究中的应用;生物信息学的概念：;生物信息学研究的要素;生物信息学研究分类;生物信息学和肿瘤研究的关系;1996, 97国际象棋人机大战;What Can Bioinformatics Do in Cancer Research?How to Do?;肿瘤生物信息学平台简介;数据库平台：(基于Linux系统的MySQL数据库系统);数据库平台(续);Computational Velocity: Doubled after 18 months;DNA Data Quantity: Doubled after 14 months;;肿瘤生物信息学平台简介;自主开发的综合分析体系 ;cDNA, mRNA及EST序列的高通量综合分析平台;cDNA, mRNA及EST序列的高通量综合分析平台 (续);Primary Analysis of Lung Cancer SSH cDNA Library ;Definition of EST ;Mask Vector and Format;;Cluster Result Database;New Gene (EST) Database;Elongated EST;Using Reference mRNA Database Blast Output to Search Mutation/SNP;Mutations Found from Blast Output Analysis;Deletion (ClustalX 1.82);Insertion (ClustalW 1.82);Here “-” means insertion;;Further Analysis;;Expression level of genes in SSH libraries;;LOH map vs. SSH map;基因芯片数据分析平台 ;Normalization;PathWay Analysis;分析实例;PNAS November 20, 2001 vol. 98 no. 24;Original Array Data;Analysis Procedures;;肺鳞癌基因表达图谱(3号染色体);High-resolution detection of differentially expressed chromosomal regions in NSCLC was obtained by using moving-median method Screening of important NSCLC-related gene ;Results;信号通路 (Gene-gene Interaction) 分析平台 ;Gene Ontology Pathway Network;BioCarta Cell Cycle Pathway ;KEGG 酮体代谢 Pathway ;分析给定基因所属的信号通路;比较多组基因按功能分组在统计学上的差异，从而得到各组基因的功能差异;小结;肿瘤生物信息学平台简介;自主开发的其他独立功能软件 ;自主开发的其他独立功能软件(续);自主开发的其他独立功能软件(续);自主开发的其他独立功能软件(续);应用Gene Ontology数据库及EMBOSS软件包预测SSH文库基因中分泌蛋白（图示：2号染色体）;Screened siRNA target sites for X1blue:;全自动SAGEmap分析;从accession number通过网络或者本地数据库自动快速获得序列及注释;小结;肿瘤生物信息学平台简介;其他引进并安装调试好的软件包 ;SMS (The Sequence Manipulation Suite)：是一组DNA、蛋白序列分析和格式化的软件包，以网页形式发布。 它们的分析结果是一系列HTML命令，您可以打印或保存结果，也可以用HTML语言对其进行编辑。 PredictProtein：Protein sequence analysis, and structure prediction. GeneScan: 著名的分析genomic DNA中的基因序列的软件。 RepeatMasker: 重复序列屏蔽 ;Cross_match/Consed/phred/Phrap/phd2fasta: 直接读取测序图，并去除测序结果中的载体部分，进行Contig 组装的软件包。 Primer 3: 基于web的PCR引物设计软件。 sim4: EST的染色体定位软件。 HMMER: 运用隐藏马尔可夫链模型(HMM)建立多序列比对模型，并以此到数据库中寻找另外的家族序列。 ClusterW/X: 多序列比对工具软件。 Artemis: DNA序列