分子系统发育分析.pptxVIP

会计学;;系统发育学的发展历史;;;;;分子进化实质和对象;;;系统发育树（系统树，进化树）;;;;;序列选择 序列有指定的来源并且正确无误 序列是同源的（也就是说，所有的序列都起源于同一祖先序列） 序列比对中，不同序列的同一个位点都是同源的。 在接受分析的一个序列组中，序列之间的系统发育史是相同的（比如，序列组中不存在核序列与细胞器序列的混合） 样本足以解决感兴趣问题 样本序列之间的差异包含了足以解决感兴趣问题的系统发育信号;;;距离和特征;一种简单的距离矩阵;;系统发育树构建方法;;;不同情况采用不同的建树方法;距离法（距离矩阵法）;;;UPGMA算法的执行过程： (1) 初始化：使每个物种自成一类，如果有n个物种，则开始时共有n个类，每个类的大小为1，分别用n个叶节点代表每个类； (2)执行下列循环： l??寻找具有最小距离Dij的两个类i、j；建立一个新的聚类（i,j ） l?连接i和j形成新节点（i, j），生长两个新的分支，将i和j连接到（i,j），分支的长度为Di j / 2； l?计算新分类到其它类的距离? ? 其中ni、nj、(ni+nj)分别为i类、j类、(ij)类的元素个数； l?在距离矩阵中删除与类i和类j相应的行和列，为类(ij)加入新的行和列； 重复循环，直到仅剩一个类为止。 ;UPGMA法; ;;;;;;;;FM 法;构建基于特征的系统发育树;输入一般为n×m的特征矩阵M 在构建系统发育树假设特征是相??独立的，即一个特征的变化不影响另一个特征。 另外，还假设在进化过程中，两个物种分叉后独立进化，互不影响。 ;最大简约法;;最大简约法的处理过程;;; 甲 乙 丙 丁 戊 节点1 节点3 节点2